Государственный природный биосферный заповедник “Катунский” организован Постановлением Совета Министров РСФСР 25 июля 1991 г. на площади 151 637 га. Он расположен в юго-западной части горного Алтая. Административно входит в Усть-Коксинский район Республики Алтай. В южной части заповедник граничит с Катон-Карагайским районом Восточно-Казахстанской области Республики Казахстан. Географические координаты заповедника: 49°28'-49°56' с. ш.; 85°37'-86°34' в. д.

Замысел создания заповедника в высокогорьях Центрального Алтая имеет долгую историю. Впервые эту идею выдвинул В.П. Семенов-Тян-Шанский в 1917 г. (Штильмарк, Аваков, 1977). К середине 1960-х годов некоторые исследователи Алтая вновь отмечали необходимость организации заповедника в Центральном Алтае для сохранения уникальных высокогорных комплексов и решения проблемы восстановления численности редких и исчезающих видов животных (снежного барса, манула и др.). На рубеже 1970-х годов этот вопрос стал обсуждаться в центральной и региональной печати. С 1975 по 1985 год было предложено несколько вариантов создания заповедника, обсуждаемых на региональном и российском уровнях.

В процессе обсуждения и проектирования предлагались различные варианты площадей, предполагаемых к заповеданию: на Катунском и Теректинском хребтах; на Катунском, Северо-Чуйском и Южно-Чуйском хребтах; с захватом плато Укок и т. д. В административном отношении предполагалось создание заповедника на территории Усть-Коксинского, Кош-Агачского и Онгудайского районов. По площади предлагались варианты от 200 тыс.га до более 1 млн. га. Однако ни один из этих проектов не был реализован из-за противодействия землепользователей и местных органов советской власти.

В 1987 г. Управление охотничьего хозяйства Алтайского крайисполкома вновь приступило к решению этой проблемы. После длительного процесса согласований появился нынешний проект биосферного заповедника “Катунский”. Территория заповедника была выбрана не лучшим образом и не вполне репрезентативна для Центрального Алтая, поскольку одна из основных целей, которую преследовали административные органы Усть-Коксинского района и Горно-Алтайской автономной области, заключалась в предотвращении незаконного использования природных ресурсов на территории Усть-Коксинского района хозяйствами Казахстана. С этой целью нынешняя территория Катунского биосферного заповедника была смещена на запад от предлагаемой к заповеданию.

Решением ежегодной конференции ЮНЕСКО в Киото (Япония) 2 декабря 1998 г. государственный природный заповедник “Катунский” включен в список Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (“Алтай золотые горы – 768 Rev”).

В сентябре 1999 г. на заседании Комиссии ЮНЕСКО по биосферным резерватам было рассмотрено предложение о присвоении заповеднику “Катунский” статуса биосферного. Рассмотренный проект предполагает включение в состав будущего биосферного заповедника территории правобережья р. Катунь в качестве буферной зоны и биосферного полигона.

Был предложен следующий план зонирования: ядро (строго охраняемая зона) – настоящая территория заповедника “Катунский” (151 637 га); буферная (охранная) зона (около 61 250 га); биосферный полигон – территория по правобережью р. Катунь и национальный парк “Белуха” (около 357 000 га). В январе 2000 г. заповедник получил статус биосферного.

Катунский биосферный заповедник в 2000 г. подчинен Министерству природных ресурсов России.

© И.А. Артемов, Л.В. Байлагасов, Е.Н. Бочарова, Е.Ю. Диев, М.Ю. Пальцын. Катунский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 122-128.