Верховья реки Баргузин и Икатский хребет долгое время оставались практически не исследованными. Отдельные сведения о природе той территории, которая вошла в состав заповедника, можно было найти только в сборнике научных трудов Лимнологического института СО РАН, составленном по результатам экспедиционных работ, проведенных сотрудниками Института в начале 80-х годов. В статьях освещались преимущественно вопросы гидрологии, гидробиологии. Так, особенностям гидрологического режима, происхождения и морфометрии озер Амутской котловины посвящена статья В.Б. Выркина (1986). Краткие сведения по ихтиофауне и зоо-бентосу водоемов верховьев Баргузина содержатся в работах С.В. Каницкого (1986), Е.Л. Евстигнеевой и В.И. Лазаревой (1986). С организацией заповедника исследование гидробионтов были продолжены усилиями сотрудников Института общей и экспериментальной биологии СО РАН (ИОЭБ СО РАН). В 1994-1995 гг. ихтиофауну водоемов изучали Н.М. Пронин, А.Н. Литвинов, Ю.А. Сокольников, которые разрабатывали специальную тему по современному состоянию и возможности реабилитации тайменя в байкальских реках (Пронин и др., 1996). Одновременно Ю.А. Сокольниковым и В.А. Буянтуевым велось изучение зоопланктона и бентоса в озерах и на р. Баргузин (Сокольников, 1995; Буянтуев, Шевелева, 1996; Буянтуев и др., 1996; Буянтуев и др., 1997).
Микробиологические исследования водоемов заповедника и прилегающих территорий начались с 1996 г., в основном ограничивались термальными источниками (Намсараев и др., 1997), пресными и содовыми озерами Баргузинской котловины.
Ботанические исследования на территории заповедника проводились еще до его организации. Наиболее существенный вклад в познание флоры его территории был внесен при изучении высокогорной флоры Станового нагорья (Высокогорная флора..., 1972). Позднее были проведены ландшафтно-геоботанические (Моложников, 1986) и гидроботанические (Азовский, 1988) исследования. Однако полученные в результате этих работ сведения отражают лишь отдельные аспекты растительного покрова заповедника. Целенаправленные исследования, ориентированные на инвентаризацию растительного покрова заповедника «Джергинский», начались с 1994 г. и проводились О.А. Аненхоновым, С.Э. Будаевой, Д.Я. Тубановой, Т.Г. Басхаевой, Б.Б. Намзаловым и др.
В фаунистическом отношении сравнительно лучше были изучены нижнее и среднее течение реки Баргузин, предгорья Баргузинского хребта (см. обзоры: Елаев, Доржиев, 1993; Елаев, 1994). Так, детальные исследования птиц и млекопитающих по Баргузинской котловине, проведенные В.Ф. Лямкиным (1977), лишь частично захватили южную часть ныне существующего заповедника. По основной территории заповедника какие-либо сведения по наземным позвоночным до недавнего времени полностью отсутствовали. Данный пробел был восполнен сотрудниками Института систематики и экологии животных СО РАН (Новосибирск), Бурятского госуниверситета, Музея природы Бурятии и заповедника, в разные годы изучавшими здесь птиц: Э.Н. Елаевым, Б.О. Юмовым, В.Е. Ешеевым, М.Т. Нагуслаевым, Ц.З. Доржиевым; и млекопитающих: Цыр.З. Доржиевым, Б.О. Юмовым, Л.Н. Калининой, Г.И. Бороноевой, Б.Б. Бадмаевым, Л.В. Шедогоевой. За период исследований установлены видовой состав, численность и выявлены осока, уточнены фаунистические списки животных прилегающих территорий.
Арахно- и энтомофауну района заповедника начали изучать только с 1994 г. Первые сборы пауков, жуков и чешуекрылых были сделаны на территории заповедника сотрудниками Института систематики и экологии животных СО РАН С.Н. Даниловым и С.Г. Рудых. После этого изучение фауны насекомых и пауков приобрело более или менее планомерный характер. В 1996 г. на территории заповедника и его окрестностях работала комплексная российско-финская экспедиция, в задачи которой входило обследование всей северной части Баргузинской котловины. В 1997 г. в составе комплексной экспедиции Бурятского госуниверситета здесь проводила сборы насекомых Л.Ц. Хобракова. Результатом этих исследований стал ряд статей в сборниках Трудов заповедника, который позволил составить довольно целостное представление о видовом составе и экологии наземных беспозвоночных исследуемого региона (Данилов, 1995, 1997; Рудых, 1995, 1999; Рудых, Власова, 1997; Иметхенова, Хобракова, 1997). Краткую геоморфологическую характеристику исследуемой территории можно найти в специальной монографии, посвященной Северному Прибайкалью (Геоморфология ..., 1981). В дальнейшем обстоятельное описание геоморфологии и тектонических явлений непосредственно на территорию заповедника приводит сотрудник Восточно-Сибирского государственного технологического университета А.Б. Иметхенов (Иметхенов, 1995, 1998; Иметхенов, Нимаева, 1995). Им же и его учениками впервые было дано обоснование к выделению заповедника в качестве особо ценной природной территории, выявлены уникальные природные объекты как на территории заповедника, так и за его пределами (Иметхенов и др., 1997; Иметхенов и др., 1998).
Икатский хребет, где находится заповедник, как и в целом Северное Прибайкалье, был и остается одним из самых мало исследованных районов в почвенно-географическом отношении. Первая почвенно-экологическая трансекта была заложена в 1995 г. в южной части заповедника по долине рек Баргузин и Джирга.
На охраняемой территории ведутся метеорологические наблюдения. С марта 1997 г. к этой работе присоединились сотрудники метеостанции «Тасса», практически примыкающей к территории заповедника. Заложено 25 пробных площадок с целью мониторинга пирогенных и естественных экологических сукцессии, 7 постоянных маршрутов по учету численности млекопитающих.
Практически с самого начала функционирования заповедника действует Ученый совет, в который, кроме сотрудников заповедника, входят приглашенные специалисты из Бурятского научного центра и вузов республики. Так, в составе Совета три доктора наук - ведущие специалисты в области ботаники, зоологии и геоморфологии. Основной темой научно-исследовательской работы заповедника до 2000 г. являлась инвентаризация природных объектов и явлений заповедника. В настоящее время сотрудники заповедника начали работать над проблемой «Современное состояние природных экосистем заповедника и оценка антропогенного влияния на приграничных территориях», которая предполагает осуществление мониторинговых исследований как на территории заповедника, так и за его пределами.
Кроме «Летописи природы» научный отдел заповедника разрабатывал и проводил исследования по нескольким программам, направленным на разработки научных основ сохранения редких и исчезающих видов позвоночных животных Забайкалья. В частности, «Состояние популяций тайменя в Байкальском регионе и возможность реабилитации исчезающего вида» (1996), «Баргузинская котловина как ключевая орнитологическая территории России» (1998), «Сохраним леса Баргузинского Прибайкалья» (1999) и др.
В настоящее время идет формирование научной библиотеки, картотеки редких и исчезающих видов растений и животных, собираются научные и экспозиционные ботанические и зоологические коллекции.
Результаты научно-исследовательской деятельности нашли отражение в трех выпусках трудов заповедника (1995, 1997, 1999), в ряде региональных сборников (1996) и в двух коллективных монографиях (1993, 1998).
Заповедник активно поддерживает прочные связи с вузами. За последние два года на его территории прошли полевые практики студентов-биологов БГУ, студентов по экологическому менеджменту Восточно-Сибирской государственной академии культуры и искусства. Студенты на основе собранных материалов выполняют курсовые и дипломные работы, выступают с докладами на студенческих научных конференциях, принимают участие в мероприятиях, посвященных «Маршу парков». Успешно защитили кандидатские диссертации по разным естественнонаучным специальностям два сотрудника заповедника. Большое внимание уделяется и экологической пропаганде (Елаев, 19976).
© Э.Н. Елаев, О.А. Аненхонов, А.Б. Иметхенов, Ц.З. Доржиев, Н.Г. Елаева. Джергинский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 205-216.