В настоящее время на территории заповедника отмечен 201 вид позвоночных животных: рыб 6 видов, земноводных — 3, пресмыкающихся — 4, птиц — 145, млекопитающих — 43 (Елаев и др., 1995; Елаев, 1996; Нагуслаев, 1996; Доржиев и др., 1997). Фауна беспозвоночных животных сравнительно слабо изучена. Она составляет пока 839 видов насекомых (включая Баргузинскую котловину), 164 вида пауков (Данилов, 1995, 1997; Рудых, 1995; Имехенова, Хобракова, 1997; Рудых, Власова, 1997). Дополнились также данные по видовому составу отдельных групп водных беспозвоночных животных (Сокольников, 1995; Буянтуев, Шевелева, 1996; Буянтуев и др., 1996; Буянтуев и др., 1997).
Ихтиофауну водоемов верховьев р. Баргузин представляют в основном озерно-речные виды — хариус, ленок и речной гольян, реже встречаются таймень и налим. Проведенные в июле 1995 г. морфобиологические исследования хариуса, ленка и тайменя в верховьях р. Баргузин и оз. Балан-Тамур показали, что в горной части р. Баргузин обитает типичная речная форма восточно-сибирского хариуса. В оз. Балан-Тамур обитает особая озерно-речная форма этого вида, которая близка к байкальскому хариусу, причем она представлена двумя фенотипами. Численность и ареал тайменя в бассейне озера Байкал катастрофически сокращается (Пронин и др., 1996), поэтому этот вид заслуживает особого изучения.
Фауна земноводных и пресмыкающихся бедна в видовом отношении. Из амфибий на территории заповедника встречаются сибирский углозуб и сибирская лягушка. Дальневосточная квакша — вид, занесенный в Красную книгу Бурятии (1988) — отмечена в верхней части Баргузинской котловины у границ заповедника: на правом берегу реки Баргузин, в районе острова Умхей, в нижнем течении реки Джирга (Елаев и др., 1995). Пресмыкающиеся также немногочисленны. По влажным заливным лугам, опушкам хвойных лесов, закраинам болот держится живородящая ящерица. Обыкновенный щитомордник встречается в южной части заповедника - на склонах гор южной экспозиции, по опушкам сосновых лесов и на выходах скал по долине р. Джирга. На горячих источниках, в частности на источнике «Умхей», расположенном на границе с заповедником, обитают изолированные популяции обыкновенного ужа и узорчатого полоза, включенные в Красную книгу Бурятии (1988).
Орнитофауна как наиболее многочисленная и динамичная группа позвоночных животных наглядно показывает генетическую разнородность ее представителей. Из 145 достоверно обитающих здесь видов (40,3% от общего числа видов северной части бассейна оз. Байкал (Доржиев, 1997)) гнездящихся и вероятно гнездящихся — 118, пролетных — 12, зимующих — 4, залетных — 8. По типам фаун, конечно же, преобладают сибирские таежные виды — 55,9% (Елаев, Доржиев, 1993), встречаются, хотя и значительно меньше, китайские (13,2%) и европейские (12,7%) виды, наименьшую долю в гнездовой орнитофауне заповедника имеют транспалеаркты (5,5%), представители тибетской (5,9%), монгольской и арктической (по 2,9% соответственно) фаунистических групп (Иметхенов и др., 1999).
Орнитофауна заповедника имеет ярко выраженный горно-таежный характер. Основное ядро населения горной тайги составляют типичные лесные (таежные) виды: рябчик, большая горлица, глухая кукушка, иглохвостый стриж, желна, пестрый дятел, пятнистый конек, кедровка, кукша, сойка, пеночки — таловка, зарничка, зеленая, корольковая, бурая, толстоклювая, мухоловки — малая, серая, сибирская, ширококлювая, краснозобый дрозд, буроголовая гаичка, обыкновенный поползень, клесты — обыкновенный и белокрылый, полярная овсянка и др. (Елаев, 1996). К числу редких птиц данного природного комплекса относятся вальдшнеп, хищники — сапсан, чеглок, дербник, филин, ушастая сова, ястребиная сова, длиннохвостая и бородатая неясыти, сплюшка, мохноногий сыч, большая часть которых занесена в Красную книгу Бурятии (1988). Обитателями редких в заповеднике горно-долинных темнохвойных лесов являются желтоголовый королек и желтобровая овсянка — птицы, которые находят здесь предел своего распространения (Елаев, 1999). Лиственничное горное редколесье у верхней границы леса и в подгольцовье населяют такие редкие периферийные виды, как сероголовая гаичка и сибирская чечевица.
Население птиц высокогорий не отличается большим видовым разнообразием. Этот высотный пояс с лишайниковыми тундрами, каменными россыпями и пятнами луговых тундр населяют преимущественно высокогорные виды птиц - белая и тундряная куропатки, горный дупель, черный стриж, воронок, горный конек, завирушки — гималайская, бледная, краснобрюхая горихвостка. Иногда по зарослям кедрового стланика сюда залетают некоторые таежные виды - кедровка, сибирская чечевица, щур и др. (Елаев, 1996; Иметхенов и др., 1999). Во время осенне-зимних кочевок белая куропатка может спускаться по межгорным понижениям в лиственничное редколесье. Горный дупель — редкий для заповедника вид. В зимний период несколько раз отмечался на незамерзающем субтермальном источнике «Мигдельгун» у западной границы заповедника.
Весьма специфичным является население птиц горных степей, распространенных преимущественно у юго-западных пределов заповедника по долинам рек Баргузин, Джирга и в центральной части по долине р. Ковыли. Сочетание в составе растительности реликтовых лесостепных ландшафтов, степных и таежных элементов определяет проникновение в эти природные комплексы степных и таежных видов животных. Комплекс степных видов составляют черный коршун, могильник, чеглок, обыкновенная пустельга, рогатый и полевой жаворонки, полевой конек, обыкновенная каменка и каменка-плясунья, красноухая овсянка. Практически все выше перечисленные виды представлены здесь изолированными популяциями. Своеобразное сочетание с ними образуют в остепненных травяно-кустарниковых сосняках по склонам гор такие таежные виды, как тетеревятник, перепелятник, рябчик, большая горлица, филин, желна, пестрый дятел, пятнистый конек, сойка, славка-завирушка, зеленая пеночка, мухоловки - малая, сибирская, ширококлювая, сибирская горихвостка, буроголовая гаичка, московка, обыкновенный поползень, обыкновенная чечевица, белошапочная овсянка и др.
Своеобразно население птиц водоемов заповедника. Большинство описываемых озер расположены в высокогорном поясе, частично захватывая верхнюю границу леса. Их берега покрыты преимущественно лиственничным редколесьем с кедровым стлаником, ерниковыми зарослями по берегам рек и горными тундрами в сочетании с нивальными луговинами и верховыми болотами. Фауна птиц представлена интересным комплексом горно-таежных, высокогорных, водных и околоводных видов. Фоновыми для этих мест являются белая и тундряная куропатки, полярная овсянка, горная трясогузка, пятнистый конек, кедровка и др. (Елаев, 1996). На гнездовьях найдены орлан-белохвост, чеглок, ястребиная сова, занесенные в Красные книги различного ранга. По берегам рек встречаются большие крохали, малые зуйки, перевозчики, трясогузки — желтая, желтоголовая, горная, белая, оляпки. На озерах отмечено гнездование чернозобой гагары, лебедя-кликуна, кряквы, черной кряквы, чирков-свистунков и трескунков, свиязи, широконоски, хохлатой чернети, каменушки, обыкновенного гоголя, горбоносого турпана, лутка, большого крохаля, фифи, большого улита, сизой чайки, речной крачки и др. Из водоплавающих птиц заповедника в Красную книгу Бурятии (1988) включены лебедь-кликун, численность которого оценивается в 2-3 пары, черная кряква — 3-4 пары, каменушка — 5-6 пар, горбоносый турпан (Елаев и др., 1995; Юмов и др., 1999). Последний вид отмечается ежегодно почти на каждом озере Амутской котловины и на перевале в долину р. Юргон.
Млекопитающие на территории заповедника представлены 43 видами. Здесь обитает 8 видов землероек (обыкновенная, темнолапая, плоскочерепная, средняя, малая, крошечная, равнозубая бурозубки, обыкновенная кутора), которые населяют лесные местообитания и связаны с богатой лесной подстилкой. Из приведенных видов обыкновенная и средняя бурозубки отловлены в нижнем течении р. Джирга. Остальные виды насекомоядных, как и другие виды мелких млекопитающих, приводятся по материалам В.Ф. Лямкина (1977) и Ю.Г. Швецова, М.Н. Смирнова, Г.И. Монахова (1984).
Фауна рукокрылых сравнительно бедна. Отмечены два широко распространенных вида — бурый ушан и северный кожанок, слабо изученные и редкие не только на территории заповедника, но и в регионе. Распространены они в верхней части Баргузинской котловины в лесостепных участках. Так, бурый ушан найден у западной границы заповедника в смешанном лесу на берегу р. Баргузин в местности «Умхей». В качестве дневных убежищ мыши используют деревья — дупла, полости под корой. Северный кожанок также встречается у южных пределов заповедника, в частности, на кордоне «Джирга». Колония мышей располагалась под крышами жилых и хозяйственных построек.
Из зайцеобразных в заповеднике распространены заяц-беляк и северная пищуха. Заяц-беляк обычен, местами многочислен в поймах рек и ручьев, в зарослях ерников. Северная пищуха также довольно обычный вид, встречающийся по берегам рек, ключей, в местах с выходами каменистых россыпей и скал в лесном и подгольцовом поясах.
Грызуны — наиболее многочисленная группа, представленная 15 видами (летяга, обыкновенная белка, азиатский бурундук, длиннохвостый суслик, черношапочный (камчатский) сурок, лесная мышовка, восточно-азиатская мышь, мышь-малютка, барабинский хомячок, ондатра, большеухая, красно-серая, красная, большая полевки, полевка-экономка). Летяга на территории заповедника довольно обычна и часто встречается вдоль русел рек и ключей, что обусловлено наличием здесь дуплистых высокоствольных деревьев. Белка и бурундук занимают все типы лесов. Длиннохвостый суслик обитает только в низовьях р. Джирги на участках луговых степей. Большая полевка и восточно-азиатская мышь отловлены в различных биотопах в долине р. Джирги летом 1994 г. Большая полевка встречалась на лугах и в разнотравно-кустарниковом березовом лесу. Красная полевка отлавливалась в различных типах смешанных лесов и в пойменных кустарниках. Восточно-азиатская мышь отмечена в березовом и смешанном лесах. Барабинский (даурский) хомячок встречается у западной границы заповедника, в нижнем течении р. Джирга, по долине р. Баргузин в районе острова Ум-хей, где распространены сосновые леса. Ондатра встречается по р. Баргузин, вплоть до оз. Балан-Тамур. Высокой численности не достигает из-за резких колебаний уровня воды и отсутствия мелководных стариц, богатых кормовыми для вида растениями. Высокогорный комплекс видов не столь разнообразен, включает черношапочного сурка и большеухую полевку, приуроченных к гольцовому и подгольцовому поясам с выходами скал и каменистых россыпей.
Из 14 видов хищных зверей, известных для территории заповедника, 10 встречаются постоянно и занимают обширные территории. Так, волк распространен по всей территории заповедника. В зимнее время держится по малоснежным участкам по долинам рек, на нижних частях склонов гор, т.е. на тех же участках, где зимуют косули и благородные олени. По данным зимних учетов, в заповеднике обитает 3-4 волчьи семьи (Юмов, Доржиев, 1995, 1996). Лисица малочисленна и встречается в нижнем течении р. Джирги и по р. Баргузин в окрестностях острова Умхей, далеко в глубь заповедника не заходит. Бурый медведь распространен по всей исследуемой территории. Весной иногда образует скопления на крутых склонах по правобережью р. Ковыли. В годы обильного урожая кедрового стланика медведи собираются в подгольцовом поясе. В общем, более стабильным кормом для нагуливания запаса жира перед зимовкой для него служат ягодники, которые распределены более или менее равномерно по территории заповедника. Следы пребывания соболей отмечены практически по всей территории заповедника. Наиболее обычны они в верховьях рек по впадающим в них ключам. Часто встречаются следы соболей на участках леса, где в древостое начинает преобладать кедр. Росомаха встречается практически во всех биотопах. Горностай и ласка немногочисленны, второй вид более привязан к пойменным стациям. Колонок занимает нижние и средние части гор и держится преимущественно по руслам рек и ключей, занимая уремные стации. Выдра - вид, занесенный в Красную книгу Бурятии, - отмечена здесь по всем крупным рекам. В зимнее время звери сосредотачиваются в местах с непромерзающими полыньями, каковых немало на исследуемой территории. Численность этого вида в заповеднике оценивается в 10-12 особей (Юмов, Доржиев, 1995). Рысь более или менее равномерно распространена по заповеднику.
Кроме указанных видов хищных млекопитающих, на территорию заповедника из Баргузинской котловины могут заходить солонгой, степной хорь, барсук. Также не исключено проникновение по р. Баргузин в заповедник американской норки — интродуцированного вида, успешно расширяющего ареал. Фауна копытных насчитывает 6 видов. Кабан отмечен в нижнем течении р. Джирги и по р. Баргузин — в низовьях рек Ковыли и Аматхан. Кабарга широко распространена по заповеднику. В наиболее благоприятных местообитаниях образует скопления. Благородный олень (изюбрь) встречается практически по всей территории. Местами сезонных концентраций этих оленей являются долины рек Джирга, Ковыли, Аматхан и Биранкур. Косуля сосредоточена в нижнем и среднем течении р. Джирга, нижнем течении р. Ковыли. В остальных частях заповедника редка. Лось сравнительно равномерно распределен по заповеднику. Заметно тяготение к берегам водоемов и ерниковым зарослям. У верхней границы леса и в высокогорных тундрах постоянно держится лесной подвид северного оленя. Зимой на озерах Амут, Малан-Зурхен и Балан-Тамур фиксировались стада до 50-60 голов (Юмов, Доржиев, 1995).
Интересен факт захода на нынешнюю территорию заповедника пары снежных баранов, который зафиксирован инспектором охраны В.Г. Устиновым в октябре 1987 г.
Особо ценные зоологические объекты заповедника до этого специально практически не описывались. К ним можно отнести места постоянного обитания реликтовых, периферийных, «островных» (изолированных) популяций и «краснокнижных» видов беспозвоночных, земноводных, пресмыкающихся и млекопитающих, гнездовья птиц (Елаев и др., 1995; Рудых, 1995; Иметхенов и др., 1997, 1998).
В озерах Амутской котловины выявлено обитание редких в Восточной Сибири видов водных беспозвоночных — Heterocope borealis, Pleuroxus trigonellus, Daphnia longispina arctica, Ophruoxus graclis, Strebloceros serricaudatus, реликтовых и эндемичных форм — Acanthobdella pelidina, Paratanitarsus baicalensis, сем. Blepharoceridae и др. (Буянтуев и др., 1996; Буянтуев и др., 1997).
Своеобразна фауна беспозвоночных животных горячих источников. В Кучигерских источниках, расположенных к западу от заповедника в окрестностях с. Улюнхан, был найден обыкновенный водяной скорпион (Nepa cinerea L.). Примечательно, что найденный экземпляр отличался большими размерами по сравнению с теми, что приводятся в определителях по этому виду. На курорте Умхей отмечена единственная в Баргузинской долине колония Bembex sp. (сем. Пчелиные). По-видимому, местообитания этих роющих ос в условиях Северо-Восточного Прибайкалья приурочены к песчаным почвам вблизи горячих источников. По данным арахнолога С.Н. Данилова, здесь же обитает крупный паук доломедес (Dlomedes sp.), которого до сих пор не находили в других районах Бурятии. Пауки этого вида ведут скрытный образ жизни. Они были обнаружены в купальнях и под настилами в условиях повышенной влажности. К горячим источникам также тяготеют популяции нарывников из родов Meloe, Mylabris и Lutta с необычно большой плотностью, которая на порядок выше, чем, например, у аналогичных видов в долине р. Джирга.
Уникальна фауна чешуекрылых заповедника и его окрестностей. Так, на территории заповедника в нижнем течении р. Джирга отмечена черная медведица (Epatolmis caesaria Goeze) — редкий локальный лугово-степной вид. Гусеницы этой бабочки развиваются на двудольных. Здесь же и на термальном источнике р. Сея — левого притока р. Баргузин — была обнаружена придворная медведица — Hyphoraria aulica L. — редкий в Забайкалье вид. В заповеднике встречаются также виды, занесенные в Красную книгу Бурятии. Парусник махаон (Papilio machaon L.) распространен в заповеднике повсеместно, но повсюду малочислен. Западно-палеарктический лугово-степной вид — аполлон (Parnassius Apollo L.) — найден в нижнем течении р. Джирга. Лет его длится в течение всего июля и в первой половине августа, гусеницы развиваются на очитках из семейства толстянковых.
На территории заповедника сейчас обитает 29 видов наземных животных, занесенных в Красную книгу Бурятии: аполлон восточный, махаон сибирский, таймень, черный аист, лебедь-кликун, черная кряква, касатка, каменушка, горбоносый турпан, большой подорлик, могильник, беркут, орлан-белохвост, кречет, сапсан, чеглок, дербник, белая сова, филин, ястребиная сова, длиннохвостая неясыть, крапивник, малая пестрогрудка, желтоголовый королек, обыкновенная пищуха, усатая ночница, бурый ушан, речная выдра, северный олень. Красная книга России представлена здесь 8 видами: даватчан, черный аист, могильник, беркут, орлан-белохвост, кречет, сапсан, филин, из них в Красную книгу МСОП включен орлан-белохвост. Из всех перечисленных видов на гнездовании в заповеднике отмечены черный аист, беркут, орлан-белохвост, дербник (Елаев, Доржиев, 1993; Елаев и др., 1995). Во время пролета и зимой изредка встречаются хищные птицы — кречет, сапсан. Встречи с этими птицами регистрировались в верхней части Баргузинской котловины, в частности, в районе кордона «Джирга».
На Аллинских, Умхейских, Кучегерских горячих источниках, находящихся недалеко от границ заповедника, обитают реликтовые популяции обыкновенного ужа и узорчатого полоза, которые в условиях заповедника и, в целом, Северо-Восточного Прибайкалья приурочены к термальным источникам.
Для редких и исчезающих видов единственным стабилизирующим фактором и возможностью спасения многих редких и исчезающих видов животных в настоящее время являются особо охраняемые природные территории. На «Джергинском» заповеднике лежат задачи сохранения биологического разнообразия и экологического просвещения местного населения (Елаев, 1994, 1995; Yelaev, 1995; Елаева, Елаев, 1998).
© Э.Н. Елаев, О.А. Аненхонов, А.Б. Иметхенов, Ц.З. Доржиев, Н.Г. Елаева. Джергинский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 205-216.