Таксономический состав флоры заповедника изучен крайне неравномерно. Отсутствуют инвентаризационные работы по грибам и водорослям, крайне мало данных о лишайниках и мохообразных. В частности, к настоящему времени для заповедника приводится 56 видов лишайников из 17 родов и 13 семейств (Будаева, 1996), 114 видов мохообразных из 64 родов и 34 семейств (Тубанова, 1999). Более подробные, но еще далеко не полные сведения имеются о флоре сосудистых растений. На данный момент в заповеднике выявлено более 650 видов сосудистых растений, относящихся более чем к 200 родам и 70 семействам (Аненхонов, 1995; Басхаева, 1999 и др.). Несмотря на пока еще неполную изученность, во флоре сосудистых растений заповедника отчетливо проявляется ее бореальный и альпийско-арктоальпийский характер. На территории заповедника отмечено 5 видов сосудистых растений, ранее занесенных в Красную книгу РСФСР (1988): башмачки настоящий и крупноцветковый, надбородник безлистный, мертензия мелкопильчатая, полушник щетинковидный; еще 14 видов занесены в Красную книгу Бурятии (1988): арктоус альпийский, астрагал трехгранноплодный, карагана гривистая, чозения арбутолистная, башмачок пятнистый, гюльденштедтия весенняя, лилии волосистодольная и карликовая, черемуха уединенная, жирянка обыкновенная, родиолы четырехчленная и розовая, рододендроны Адамса и Редовского.
По ботанико-географическому районированию Байкальской Сибири (Пешкова, 1985) территория заповедника «Джергинский» относится к Прибайкальскому округу Забайкальской провинции Восточно-Сибирской подобласти светлохвойных лесов Евроазиатской хвойно-лесной области. Расположение заповедника в горном районе (на стыке Баргузинского, Южно-Муйского и Икатского хребтов) предопределяет наличие высотно-поясной дифференциации растительного покрова его территории. Основные растительные пояса на территории заповедника — лесной, под-гольцовый и гольцовый. Кроме того, на очень небольшой площади в его юго-западной части, где граница заповедника проходит на небольшом протяжении по днищу Баргузинской котловины, представлены сообщества, которые формируют горно-лесостепной пояс (Намзалов, Басхаева, 1997). В долинах рек, речек и ручьев развиты различные интразональные сообщества, в основном — кустарниковые, луговые и болотные.
В лесном поясе заповедника наиболее широко распространены леса из лиственницы Гмелина (даурской). Они господствуют в северной половине заповедника и в верхней полосе отрогов хребтов и на их северных склонах в южной части заповедника, где развита вечная мерзлота. Несколько меньшее значение имеют сосновые леса, которые, наряду с лиственничниками, являются важным компонентом растительного покрова Забайкалья. Они преобладают в южной части заповедника, а по мере продвижения к северу, с нарастанием абсолютной высоты местности, вытесняются лиственничниками на прогреваемые южные склоны. По днищам долин рек, но преимущественно в южной части заповедника, встречаются небольшие участки лесов из ели сибирской. Кедр (сосна сибирская) произрастает преимущественно как примесь в лиственничных лесах на склонах северных румбов в южной и центральной части заповедника.
Для подгольцового пояса наиболее характерны кедрово-стланиковые заросли, лишь местами перемежающиеся с шерстистоберезовыми сообществами. В гольцах встречаются различные типы тундр (кустарничковые, лишайниковые, моховые и др.), нивальные, прирученные и пустошные луга, сообщества курумников (каменных россыпей).
Небольшие участки степной растительности, приуроченные к крутым южным и юго-западным склонам («убуры», «елаканы») во флористическом и фитоценотическом отношении проявляют заметное сходство с таковыми, встречающимися в других районах Северного Забайкалья. Большинство из них представляют собой экстразональные явления, предваряющие расположенную на юге Забайкалья подзону лесостепи.
Типична для региона и интразональная растительность территории заповедника. Повсеместно в долинах рек встречаются заросли ивняков и несомкнутые группировки растений прирусловых песков и галечников. Кроме них, небольшие плошади по днищу долин рек занимают сообщества из своеобразного восточно-азиатского вида — чозении толокнянколистной (кореянки земляничниколистной), тополя душистого, мирикарии длиннолистной. Заметную роль в растительном покрове днищ небольших, но сравнительно широких долин играют луга и ерники — сообщества из березы кустарниковой, а в Амутской котловине в верховьях р. Баргузин - из берез тощей и растопыренной. Присутствие ерников связано с влиянием многолетней мерзлоты, колебанием температур и обильным увлажнением. Болотная растительность в заповеднике представлена слабо, значительная заболоченность наблюдается только в Амутской котловине, где обычны болотистые лиственничные редколесий и ерники, а также сфагновые болота.
Лиственничные леса (из лиственницы Гмелина), представляя собой один из наиболее характерных компонентов растительного покрова заповедника, отличаются довольно высоким типологическим разнообразием. Наибольшие площади они занимают в северной части заповедника (начиная от южной границы бассейна р. Ковыли), где многолетняя мерзлота прерывается только под руслами относительно крупных рек и, возможно, под некоторыми убурами. Типичными для среднегорной полосы лиственничных лесов являются багульниковые (с багульником болотным) и зеленомошные, занимающие склоны теневых экспозиций и подгорные шлейфы; брусничные, рододендроново-брусничные (с подлеском из рододендрона даурского) и разнотравно-злаковые на склонах южных румбов. Верхнюю полосу лесного пояса обычно образуют моховые и лишайниковые лиственничные редколесья, нередко с ярусом из кедрового стланика или березы растопыренной. В долинах мелких водотоков, на всем протяжении лесного пояса, но особенно — в их верхнем течении, в лиственничниках формируется подлесок из ольхи кустарниковой (душекии), иногда довольно густой.
В травяно-кустарничковом ярусе лиственничников багульниковых и зеленомошных обычны типичные таежные виды — голубика, брусника, линнея северная, грушанка ко-пытенелистная, часто встречаются осоки шаровидная и бледная, вейник лапландский. Моховой покров слагают широко распространенные виды: плевроциум Шребера, гилокомий блестящий, дикранум многоножковый и некоторые другие.
В брусничных и рододендроново-брусничных лиственничниках характерны представители группы таежного мелкотравья: майник двулистный, седмичник европейский, грушанка копытенелистная, ортилия однобокая, а также — овсяница овечья, козелец лучистый и др. Лиственничники разнотравно-злаковые в травяно-кустарничковом ярусе содержат до 20-30 видов, из которых чаще встречаются кострец Пам-пелла, осоки стоповидная и амгунская, чина низкая, мерингия бокоцветная, смолевка ползучая, полынь пижмолистная и др. Нередко присутствуют ивы Бебба, козья, рододендрон даурский, не образующие сомкнутого яруса подлеска.
В лиственничных редколесьях у верхней границы леса начинают встречаться вейник Короткого, рододендрон золотистый, ива барбарисолистная, Кассиопея четырехгранная, цетрарии снежная и клобучковая, кладина звездчатая и др.
Сосновые леса представлены мезоксерофитными и мезофитными сообществами. Их местообитаниями в заповеднике являются склоны световых экспозиций, преимущественно в южной части заповедника, где они занимают до 60-70% лесопокрытой площади. Наиболее обычными типами сосняков являются брусничные с подлеском из рододендрона даурского, разнотравно-злаковые и ксерофитно-низкотравные. Последние приурочены к южным, довольно крутым склонам и отличаются значительной остепненностью травяного яруса.
Сосняки брусничные по составу нижних ярусов сходны с лиственничниками брусничными. В отличие от них, сосняки разнотравно-злаковые характеризуются относительным своеобразием. Так, в них довольно обычны вейник тупочешуйчатый, виды гераней (герань Власова и волосистотычинковая), ястребинка зонтичная, костяника каменистая, фиалки Селькирка и одноцветковая и др. К этим сообществам приурочены виды башмачков (башмачок пятнистый, крупноцветковый, настоящий), лилия кудреватая.
Для сосняков ксерофитно-низкотравных характерна некоторая разреженность древостоев, что в совокупности с сухостью их местообитаний способствует произрастанию светолюбивых ксерофитов и мезоксерофитов: мятликов степного и кистевидного, дендрантемы Завадского, зорьки сибирской, астры альпийской, вики жилковатой и др.
Кедрово-стланиковые сообщества заповедника сравнительно однородны по своей флоре. Среди них выделяются лишь более увлажненные и сравнительно сухие сообщества. В первых, как правило, хорошо развит моховой покров, могут быть довольно обильны кустарнички (багульник стелющийся, голубика); в сухих кедрово-стланиковых сообществах в напочвенном покрове доминирование переходит к кустистым лишайникам из родов кладония и цетрария.
Значительно типологическое разнообразие горно-тундровой растительности, господствующей в гольцовом поясе заповедника. Так, например, среди кустарничковых тундр здесь отмечены сообщества с доминированием рододендрона Адамса, рододендрона золотистого, Кассиопеи четырехгранной, дриады и др. Особый интерес представляет тундровое сообщество с доминантом — рододендроном Редовского, занесенном в Красную книгу Бурятии (1988).
Лишайниковые тундры представлены кладониевыми, умбиликариевыми, алекториевыми и др. Цветковые растения в них немногочисленны и малообильны. Это патриния сибирская, проломник Бунге, минуарция арктическая ива Турчанинова и др.
Наиболее красочны в гольцовом поясе нивальные и прирученные луга, в которых пышно развиваются такие виды, как купальница замещающая, мертензия мелкопильчатая, диходон ясколковый, чемерица Лобеля, ветреница сибирская и др. Своеобразны несомкнутые сообщества курумников. Здесь можно встретить такие характерные для них виды, как щитовник пахучий, смородина душистая, полынь куроголовчатая, рябинник Палласа.
Таковы основные черты флористического и типологического состава растительного покрова заповедника. В отношении же территориального размещения разных флороценотических комплексов, в заповеднике можно отметить следующие интересные участки. Это Амутская котловина, долины рек Ковыли и Джирга, а также окрестности геотермальных источников «Умхей» и «Мегдельгун».
Амутская котловина находится в верховьях реки Баргузин в северной части заповедника и расположена почти на верхней границе лесного пояса. Ее днище представляет собой сложный комплекс в разной степени заболоченных лиственничных редколесий, ерников, лугово-болотных сообществ, травяно-моховых (чаще сфагновых) болот, приречных ивняков и лугов.
В долине реки Ковыли, протекающей по центральной части заповедника, весьма примечательны степные сообщества на крутых (до 40%) южных склонах правобережья долины и «луго-степи» на ровных участках днища долины. Эти сообщества образуют оригинальную мозаику, сочетаясь с типично таежными лиственничными и сосновыми лесами, заболоченными ерниками и осоково-моховыми болотами в старичных депрессиях, приречными сообществами чозе-нии, ив, тополя душистого и густыми мертвопокровными лиственничниками на прирусловых валах реки Ковыли и ее крупных притоков.
Наиболее полный профиль высотно-поясных комплексов растительности заповедника прослежен в бассейне р. Джирги, у южной границы заповедника. Именно здесь, от верховий реки до ее нижнего течения, последовательно сменяются гольцовый, подгольцовый, лесной и лесостепной пояса. Кроме того, вследствие близости к преимущественно степной Баргузинской котловине, здесь наиболее оптимальное для этой территории соотношение тепло- и влагообеспеченности. Благодаря этому долина Джирги отличается наибольшим участием темнохвойных пород (кедра, ели, пихты) в составе древостоев. Кроме того, здесь встречается ольха сибирская, больше нигде в заповеднике не произрастающая.
В окрестностях термального источника «Умхей» сформированы тростниковые заросли с довольно редким в регионе видом — вербейником даурским, а непосредственно вдоль уреза русла стока термальных вод отмечены сообщества реликтового для Северного Забайкалья вида — сыти бурой. В лесах, прилегающих к источнику, произрастают три вида башмачков, имеется целый ряд других представителей семейства орхидных. Своеобразные растительные сообщества приурочены к термальному источнику «Мегдельгун». Здесь отмечены разнотравные березово-еловые леса, заросли черемухи и рябинника рябинолистного, сообщества аналогичные равнинным низкотравным степям. Все эти сообщества совершенно не характерны для остальной заповедной территории и весьма редки в Северном Забайкалье. Кроме того, на приречных песках и галечниках, в серийных пойменных сообществах очень обычен эндемичный для региона остролодочник баргузинский.
Оценивая растительность в целом, можно сказать, что благодаря своему географическому положению территория заповедника «Джергинский» охватывает значительную часть ландшафтного разнообразия Северного Забайкалья и даже Восточной Сибири с присущими им флороценотическими комплексами. При этом здесь наблюдается отмечаемое для Северного Забайкалья сочетание флороценотических комплексов «западного», «восточноазиатского» и «южного» (дауро-монгольского) типов.
© Э.Н. Елаев, О.А. Аненхонов, А.Б. Иметхенов, Ц.З. Доржиев, Н.Г. Елаева. Джергинский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 205-216.