Баргузинский государственный природный биосферный заповедник расположен в Забайкалье, на западных склонах одноименного хребта, обращенных к северо-восточному побережью Байкала. В административном отношении это юг Северо-Байкальского района Республики Бурятии.

Баргузинский заповедник является старейшим и единственным государственным заповедником России, учрежденным до Октябрьской революции 1917 г.

Первым официальным документом о создании Баргузинского заповедника было постановление Иркутского генерал-губернатора от 17 мая 1916 г. После представления в Сенат этот акт местных властей был подтвержден правительством России (Собрание узаконений и распоряжений Правительства от 20 января 1917 г. N 18, ст. 107). Главной причиной создания заповедника явилось катастрофическое падение пушного и, в частности, соболиного промысла, отмечавшегося в начале XX века. В 1912 г. правительство признало необходимым для спасения соболя от полного уничтожения провести обследование ряда районов промысла и создать несколько заповедников. С этой целью Департамент охоты и рыболовства Министерства земледелия организовал Баргузинскую, Саянскую и Камчатскую «соболиные» экспедиции. В состав первой из них вошли Г.Г.Допельмаир, К.А.Забелин, З.Ф.Сватош, А.Д.Батурин и Д.А.Александров. Изучив в 1914-1915 гг. район от полуострова Святой Нос на юге до р. Фролихи на севере, экспедиция собрала большой и ценный материал, позднее отраженный в известной монографии «Соболиный промысел на северо-восточном побережье Байкала» (1926), где содержатся детальные сведения об организации Баргузинского заповедника.

Первоначально под заповедник отводилась территория в 200 тыс. га от реки Большой Чивыркуй на юге до мыса Валукан на севере. К северной границе заповедника примыкал Баргузинский казенный охотничий участок площадью около 300 тыс. га, призванный служить своего рода экспериментальной базой соболиного заповедника. Охотничьи угодья на западных склонах Баргузинского хребта (или в Подлеморье, как называло русское население этот район) принадлежали эвенкам Шемагирского и Киндигирского родов. Эвенки охотились лишь на незначительной части территории в долинах рек Сосновки и Кудалды, а все остальные земли предпочитали сдавать в аренду на период промысла приезжим охотникам. После учреждения заповедника коренное эвенкийское население переместилось в бассейн р. Томпы, к северу от заповедника и смежного с ним казенного охотничьего участка.

Первые годы существования заповедника совпали с периодом революции, гражданской войны и послевоенной разрухи. В 1917 г. весь штат охраны заповедника и казенного охотничьего участка составлял лишь 5 человек. Благодаря самоотверженности участников Байкальской экспедиции и первых сотрудников заповедника К.А.Забелина и З.Ф.Сватоша, территория в эти трудные годы была сохранена от разграбления. От рук браконьеров погибли егери А.Шангин и Д.Раев. В начале 1922 г. З.Ф.Сватош лично задержал 20 браконьеров.

В августе 1926 г. учреждение Баргузинского соболиного заповедника с научно-промысловой станцией и питомником промысловых животных при нем было подтверждено постановлением Совнаркома РСФСР. В 1937 г. площадь абсолютного заповедника была расширена до 570 879 га за счет упразднения охотничьего эксплуатационного участка и распространения заповедного режима на его территорию.

В марте 1944 г. заповедник был отнесен к категории научно-исследовательских учреждений. В 1951 г. площадь заповедника была сокращена до 52 400 га, отчужденная от него территория передана Северо-Байкальскому и Баргузинскому лесхозам. В 1958 г. заповедник расширили до 248 146 га, включая 15 тыс. га прибрежной акватории Байкала. В 1968 и в 1975 гг. вдоль северной и южной границ заповедника были установлены охранные зоны. Площадь северной зоны составляла 90 тыс. га, южной – 5,4 тыс. га. В 1986 г., после создания Забайкальского национального парка, южная охранная зона отошла к его территории. В 1986 г. Баргузинский заповедник был включен в категорию биосферных и признан ЮНЕСКО частью международной сети заповедников, представляющих основные типы экосистем мира. Общая его площадь в настоящее время – 324.322 га, в том числе 111.114 га составляет биосферный полигон (ранее – охранная зона).

Ведомственная подчиненность заповедника неоднократно изменялась. Первоначально подчиненный Народному Комиссариату земледелия РСФСР, в 1938 г. он был передан Комитету по заповедникам при ВЦИК РСФСР (в дальнейшем – Главное управление по заповедникам при Совнаркоме и Совете Министров РСФСР); в 1951-54 гг. подчинялся союзным ведомствам; с 1955 по 1988 гг. находился в ведении Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР, а затем перешел в подчинение Государственному Комитету по охране природы СССР, вскоре преобразованному в Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов. С 1992 г. подчинен аналогичному ведомству России (в настоящее время – Министерство природных ресурсов Российской Федерации (Минприроды России)).

Экономические трудности, переживаемые нашей страной, серьезно отразились на состоянии заповедной системы, в частности, непосредственно и на Баргузинском заповеднике. В попытке разрешить сложный комплекс энергетических, транспортных и социальных проблем, связанных с обеспечением деятельности центральной базы в отдаленном поселке Давше на берегу Байкала, Госкомитет по охране окружающей среды России санкционировал в 1997 г. ряд мер по реорганизации заповедника (Черникин, Гусев, 1998). Его административное управление (дирекция и отдел охраны) перенесено в районный центр Нижнеангарск, а научный отдел – в Улан-Удэ. И охрана, и научная работа переводятся преимущественно на вахтовые методы, тогда как Давше остается основным стационаром.