Первым ученым, детально обследовавшим побережье Байкала в пределах нынешнего заповедника и непосредственно посетившим один из притоков Лены, был И.Д. Черский, что отражено в классической монографии Карла Риттера «Землеведение Азии» (часть вторая, 1895). Черский отмечал, что в 1857 г. по верховьям Киренги и Лены прошли члены сибирской экспедиции 1855-1957 гг. геологи Крыжин и Усольцев. Начиная с 1930-х гг. географические и геологические исследования в Верхоленье проводились довольно интенсивно (Н.В. Думитрашко, А.А. Бутаров и др.)
До создания Байкало-Ленского заповедника, в 1930-1980-х гг., в его нынешних пределах (Байкальский хребет, западное побережье Байкала) неоднократно вели краткосрочные экспедиционные исследования известные ботаники и зоологи (М.М. Кожов, Л.Н. Тюлина, Л.И. Малышев, Г.И. Галазий, Г.А. Пешкова, Г.В. Макрый, А.В. Бардунов, В.Н. Скалой, Н.С. Свиридов, О.К. Гусев и др). Определенный вклад в изучение природы этой местности был сделан и при проектировании заповедника.
Научный отдел Байкало-Ленского заповедника начал работать в 1988 г. Его первоначальной задачей была инвентаризация флоры и фауны территории заповедника и регулярное составление «Летописей природы». Их подготовлено уже 8 томов. В последние годы заповедник активно сотрудничает с другими научными учреждениями: заключены договоры о научно-исследовательской деятельности с Лимнологическим институтом СО РАН по четырем темам, а также с Институтами географии СО РАН и эпидемиологии.
В настоящее время в научном отделе заповедника работает 11 человек — 4 териолога, по 2 ботаника и орнитолога, почвовед, гидробиолог и энтомолог. Двое сотрудников готовят кандидатские диссертации. На базе заповедника, под руководством его работников, ежегодно проходят курсовую и дипломную практики несколько студентов из высших учебных заведений Иркутска. В 1999 и 2000 гг. здесь работали в период практики студенты из Польши. Сотрудники заповедника принимают активное участие в проведении экологических экспертиз, проектировании других охраняемых территорий, ведут интенсивную пропаганду научных знаний в области охраны природы.
За время существования заповедника его сотрудниками опубликовано свыше ста научных статей, в том числе и в центральных изданиях. В 1998 г. вышел в свет первый том «Трудов Байкало-Ленского государственного природного заповедника», изданный в Москве. Он включает около 30 статей о его природе (ботаника, почвоведение, орнитология и другие отрасли наук). Собраны материалы и для второго выпуска, хотя научная деятельность в настоящее время практически не финансируется. Источники средств на эти цели приходится специально изыскивать (гранты, местные экофонды и др.) Несмотря на эти серьезные трудности, научный коллектив стремится решать поставленные перед ним задачи.
В последние годы большое внимание уделяется проблемам экологического просвещения — ежегодно организуются «марши парков», ведется большая эколого-пропагандистская работа с местным населением.
ОТ РЕДАКЦИИ. При проектировании заповедника (в соответствии с первоначальными предложениями О.К. Гусева и других специалистов) намечалось включение в его состав некоторых прилежащих территорий Бурятии - в частности, мыса Котельниковского и горы Черского (высшая точка Байкальского хребта высотою 2572 м н.у.м). Последняя представляет исключительную природную ценность из-за разнообразия горных ландшафтов, присутствия постоянных снежников, а также ряда особо редких растений и животных. Однако осуществить эти планы не удалось, и они сохраняют эту актуальность. Сотрудникам заповедника следует приложить усилия для расширения заповедника к северу. Надо учитывать, что в последние годы многим заповедникам удалось успешно решить нелегкую задачу оптимизации своих территорий.
© В.В. Попов, Ю.И. Мельников, С.К. Устинов, Н.В. Степанцова, В.Н. Степаненко, Н.И. Шабурова, Ю.Г. Швецов, Ф.Р. Штильмарк. Байкало-Ленский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 175-190.