Байкало-Ленский заповедник в целом достаточно полно отражает комплекс ландшафтов южной половины Байкальского хребта. Эта территория была сравнительно мало затронута деятельностью человека до заповедания. Несколько веков она осваивалась охотниками: как верхоленскими (чанчурскими и тутуро-очеульскими) эвенками со стороны Лены и Киренги, так и местным русско-бурятским населением. Если «чанчурские тунгусы», как называли эвенков Верхоленья, не держали домашних оленей, то охотники-эвенки верховий Киренги издавна использовали этих животных во время промысла, проникая в гольцы до истоков Киренги, Тонгоды и Улькана. Даже в середине 1950-х гг. нашего века охотничий колхоз (центр его был в Муринье) осваивал вершину Киренги с вьючными оленями (Думитрашко, 1949; Штильмарк, 1972, 1976). Русские охотники издавна заходили к истокам Лены при помощи лодок и на лошадях. Охотники-соболевщики проникали сюда не только из Качуга, Верхоленья, Иликты, но даже с восточной стороны Байкала.

Аборигены бурятских селений байкальского побережья, расположенных южнее и севернее поселка Онгурен, имели постоянный маршрут: Онгурен — р. Анай, истоки Лены — мыс Покойный — Онгурен. Оживленная верховая тропа от верховий Лены (селение Чанчур) к Байкалу была проложена не позднее XVIII века (вероятно, значительно раньше). Возможно, ею пользовались русские первопроходцы. Леса по берегам верхнего течения Лены (до устья р. Негнедай) рубились для постройки лодок-карбасов, которыми сплавлялись вниз по реке вплоть до Якутска (это происходило в основном за пределами нынешнего заповедника). В 50-е годы была неудачная попытка заготовки леса (сосны обыкновенной) в районе устья р. Малой Лены. В настоящее время леса здесь уже восстановились, и на местах рубок лишь местами сохранились полусгнившие пни и остатки конных лесовозных дорог.

Интенсивный охотничий промысел как в XIX веке, когда был почти выбит соболь, так и в ХХ-м, при деятельности охотколхозов и кооперативных охотничье-промысловых хозяйств (они возникли в конце 1950-х гг., и почти сразу после этого киренские эвенки перестали держать домашних оленей), существенно повлиял на численность ряда ценных животных (соболя, сурка, северного оленя и других копытных). Неупорядоченная, браконьерская охота сказывается на животных заповедника и в наше время, прежде всего из-за отсутствия охранной зоны.

Определенное влияние на биоценозы Верхоленья оказывал туризм. Всесоюзный маршрут от берега Байкала к истокам Лены пользовался большой популярностью. Перевалив тропой с Байкала, туристы делали остановки по правобережью Большой Лены, приготовляясь к дальнейшему сплаву. Сбор топлива, заготовка жердей и шестов для катамаранов сопровождались вытаптыванием ягельников. Туристы собирали ягоды, грибы, лекарственные растения и т. п. Попутно, конечно, занимались рыбалкой и охотой. Отрицательная роль всех этих факторов при заповеднике снизилась, хотя в нем официально «организованы три туристических маршрута — сплав по реке Лене; к истоку Лены и знакомство с берегом Байкала» (см. буклет о Байкало-Ленском заповеднике, текст В. Попова и др., М., 1998).

Несколько степных участков побережья (мыс Рытый, Шартла, Покойники и Малый Солонцовый) входили в земли колхозов и на них проводились выпасы скота, сенокошение, охотились чабаны. Фактически выпас скота продолжался здесь до середины 1990-х гг. На первых двух указанных мысах были организованы примитивные ирригационные системы для полива пастбищ. В настоящее время выпас прекращен, и коренные биоценозы постепенно восстанавливаются. Территория лесничества «Берег бурых медведей» входила в состав государственного лесоохотничьего хозяйства «Байкал», где велась в основном охота на медведей. В верховьях р. Анай в 1930-х гг. существовал прииск для добычи золота. На побережье Байкала (бухта Заворотная) ранее эксплуатировалось месторождение микрокварцитов, разработка которых сейчас прекращена и месторождение законсервировано. Этот участок площадью 8 тыс. га не вошел в заповедник, но его планируется включить в его охранную зону. Некоторое воздействие на природу наблюдается в районе мыса Покойники, где находится метеостанция. Ее сотрудники держат несколько десятков голов скота, выпасая его вблизи станции. Здесь же они заготавливают на зиму сено. В целом же современная сохранность естественных экосистем в заповеднике может быть признана хорошей.

© В.В. Попов, Ю.И. Мельников, С.К. Устинов, Н.В. Степанцова, В.Н. Степаненко, Н.И. Шабурова, Ю.Г. Швецов, Ф.Р. Штильмарк. Байкало-Ленский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 175-190.