Государственный природный заповедник «Байкало-Ленский» организован Постановлением Совета Министров РСФСР на территории Качугского и Ольхонского районов Иркутской области. На первый из них приходится 93% заповедной территории, на второй (Ольхонский) — 7%. Заповедник вытянут с юга на север вдоль западного побережья Байкала примерно на 120 км при средней ширине в 65 км. Периметр его границ составляет около 520 км, из которых 112 приходится на берег озера.

Создание заповедника первоначально связано с попыткой восстановления и расширения площади Баргузинского заповедника после резкого сокращения его площади в 1951 г. Во второй половине 1950-х гг. энтузиасты охраны природы Байкала, в частности зоолог О.К. Гусев, биолог, чл.-корр. РАН Г.И. Галазий и председатель Байкальской комиссии Географического общества СССР географ В.В. Ламакин предложили заповедать не только части восточного побережья Байкала и Ушканьи острова (что намечалось В.Н. Сукачевым еще в начале века), но и участок на западном побережье озера — от мыса Рытый до мыса Котельниковский. О.К. Гусев, впервые побывавший здесь в 1956 г., предложил назвать его «Берегом бурых медведей» ввиду обилия там этих зверей (Гусев, 1956, 1957, 1958, 1964, 1982, 1990).

В мае 1960 г. Совет Министров РСФСР вынес Постановление «Об охране и использовании природных богатств в бассейне озера Байкал» (СП РСФСР, № 22, ст. 92), где были отражены данные предложения. Однако, из-за новой реорганизации в 1961 г. всей заповедной системы СССР, указанные планы не осуществились. В 1969 г. было принято еще одно правительственное постановление, включающее проблемы охраны природы Байкала. После этого Иркутское управление охотничье-промыслового хозяйства Главохоты РСФСР (М.Г. Григорьев, Э.М. Леонтьев) внесло официальное предложение об организации Байкало-Ленского заповедника в истоках Лены и Киренги, которое было поддержано Иркутским облисполкомом.

Интерес к созданию этого заповедника возрос в середине 1970-х гг. с началом строительства Байкало-Амурской магистрали (БАМ), когда резко увеличился антропогенный пресс на прилежащие территории, в частности, к югу от строящегося города Северобайкальска. В связи с докладной запиской на эту тему, представленной в Главохоту РСФСР профессором В.Н. Скалоном, и обращением совещания по охране природы БАМ, проходившего в 1975 г. в Иркутске, Главохота РСФСР в начале 1976 г. направила в Иркутскую область проектно-изыскательную экспедицию, которой было поручено проектирование Витимского заповедника в Бодайбинском районе. Многие специалисты (Л.И. Малышев, Ф.Р. Штильмарк и др.) предлагали тогда переключиться на создание более актуального Байкало-Ленского заповедника, но облисполком выступил против. И только спустя почти 10 лет, в 1984 г., когда биоценозы Верхоленья уже понесли существенный урон от пожаров и браконьерства, в этих местах началось целевое его проектирование.

Оно осуществлялось Западно-Сибирской проектно-изыскательской экспедицией Главохоты РСФСР под руководством А.С. Александрова совместно с Биологическим институтом СО АН СССР. Научным руководителем этих работ был сотрудник института зоолог Ю.Г. Швецов. Кроме того, в них принимали участие сотрудники ряда научных учреждений Иркутска: Лимнологического института, Иркутского университета, Восточно-Сибирского отделения ВНИИОЗ, Байкальского заповедника, а также работники управлений охотничьего и лесного хозяйства, картографы и другие специалисты. В процессе проектирования и в первые годы деятельности Байкало-Ленского заповедника возникало множество конфликтов, связанных с отводом лесных и — особенно! — сельскохозяйственных угодий. До сих пор, несмотря на тщательную подготовку материалов, не удалось создать давно намеченную охранную зону вокруг заповедника. Заповедник состоит из трех лесничеств: «Берега бурых медведей», Верхне-Ленского и Киренгского. Первоначально он был подчинен Главохоте РСФСР, затем — российским органам по охране природы (Госкомэкология РСФСР, Минэкология Российской Федерации, Госкомэкология России). В 2000 г. передан в подчинение Министерству природных ресурсов Российской Федерации.

© В.В. Попов, Ю.И. Мельников, С.К. Устинов, Н.В. Степанцова, В.Н. Степаненко, Н.И. Шабурова, Ю.Г. Швецов, Ф.Р. Штильмарк. Байкало-Ленский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 175-190.