Территория нынешнего заповедника использовалась ранее местным населением для охоты и сбора кедрового ореха. Скотоводство было развито только в долине Чулышмана и на отдельных участках побережья Телецкого озера. Имелись небольшие посевы ячменя, овса, пшеницы на Яйлинской террасе, в Кокшах, Челюше, Беле, а особенно в низовьях Чулышмана, где с 1864 г. в Кайре существовал Благовещенский монастырь, владевший тремя тысячами десятин земли (Верещагин, 1907, 1910).

До 1950-х годов в заповеднике было около 200 га пашни на восточном и северном побережье Телецкого озера (Малышев, 1961, 1982). Первый фруктовый сад в Яйлю был заложен с 1937 г. (0,3 га), а в 1958 г. сады занимали уже 10 га.

В периоды, когда заповедник не функционировал (1952-1957 и 1962-1966 гг.), был нанесен урон охотничьей фауне, прежде всего численности соболя, северного оленя; на отдельных участках прителецкой тайги рубили лес. В это же время была проведена новая закладка садов в Яйлю и Беле (около 100 га); некоторые участки, принадлежавшие ранее заповеднику, передавались под выпас скота совхозам. Однако все эти мероприятия (кроме охоты) были локализованы и касались не более 5% современной площади заповедника.

В настоящее время основными источниками внешнего антропогенного влияния на заповедник являются совхозы, предприятия лесного и охотничьего хозяйства, а также местные турбазы.

Для регламентированного туризма в заповеднике открыты только два объекта – водопад “Корбу” (площадь около 1 га), где имеют кратковременную остановку рейсовый теплоход и катера с экскурсантами. В последние годы еще функционируют конный маршрут по Телецкому хребту от устья реки Чири до кордона Челюш (30 км). Прочие стоянки туристов на заповедном берегу Телецкого озера (Карагай, Летник, Аткичу) ликвидированы, также как и пеший маршрут от Яйлю в верховья р. Абакан.

Своеобразная, но малоизученная форма загрязнения территории Алтайского заповедника связана с многолетними запусками разного типа ракет Байконурского полигона. Многочисленные и разнообразные обломки ракет-носителей и других летательных аппаратов (беспилотных самолетов-мишеней) часто можно встретить в самых различных участках заповедника. Отработанные части ракет Байконурского полигона (как при плановых запусках, так и при авариях) падают не только в горном Алтае, но и в отдельных частях Республик Хакасии, Тувы и южной части Красноярского края (бассейн реки Кантегир). Несомненно, отрицательное влияние этого фактора на природные комплексы подлежит изучению.

В заповеднике проживает около 300 человек в Яйлю и на 6 кордонах. Хотя территория населенных пунктов не превышает 1% площади заповедника, они все же оказывают влияние на заповедник, особенно в окрестностях пос. Яйлю. Решение вопроса о перенесении постоянного жилья за пределы заповедника - насущная задача, так как при росте населения и развитии коммуникаций антропогенное воздействие на охраняемый комплекс будет возрастать.

Для повышения надежности охраны таких редких видов животных, как алтайский горный баран, алтайский улар, а также некоторых редких и эндемичных алтае-саянских видов растений требуется изменить западные границы заповедника, в частности - включить в его территорию верховья р. Башкаус на площади около 60 тыс. га, отдельные степные участки на правобережье р. Чулышман, бассейны рек Малый и Большой Эстюбе в Прителецком районе (пл. 4 тыс. га).

© Н.А. Малешин, Н.А. Золотухин, В.А. Яковлев, Г.Г. Собанский, В.А. Стахеев, Е.Е. Сыроечковский, Э.В. Рогачева. Алтайский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. I, - М., Логата, 1999. с. 58-72.