Для степных участков заповедника характерна своя специфика и свои проблемы охраны природных комплексов. Из-за относительной молодости заповедника антропогенным воздействиям были подвержены большинство участков. В качестве основных факторов былого негативного воздействия на природные экосистемы степных участков заповедника выделены следующие: степные пожары, распашка, сенокосы, прогон и выпас скота, туризм, браконьерство (охота, рыбная ловля), сбор ягод, грибов и лекарственного сырья.

После создания заповедника большинство из этих негативных воздействий было прекращено. В первые годы наблюдались случаи самовольного выпаса скота, туризма, браконьерства и сбора ягод, грибов и лекарственного сырья. В настоящее время режим заповедности и разъяснительная работа среди местных жителей существенно снизили, а кое-где даже свели на нет все эти негативные воздействия. На всех заповедных участках там, где интенсивный выпас скота прекращен, степная растительность довольно быстро восстанавливается, в том числе и ассоциации с участием ковыля. Основной проблемой были и есть степные пожары, причем пик пожароопасного периода приходится на апрель-май, хотя в малоснежные зимы и жаркое лето пожар может длиться весь год, за исключением июня и июля. Степные пожары возникают от неосторожного обращения с огнем, чаще умышленные поджоги (палы) с прилегающих территорий.

Особенно большой ущерб природным комплексам наносят весенние палы в апреле-мае, т. к. в этот период для Хакасии характерны сильные ветры, приводящие порой к пыльным бурям, что в значительной мере затрудняет их ликвидацию. Это усугубляется еще и тем, что для тушения степных пожаров нет отработанных технологий и специальных средств пожаротушения, а единственным противопожарным инвентарем при этом является метла, но в ветреную погоду она не помогает, т.к. горящие пучки травы разносятся на расстояние до 50 м и возникают новые очаги.

Чаще всего огонь приходит с сопредельных территорий, а взимание ущерба в подобных случаях не предусмотрено законодательством России.

В огне гибнут кладки многих наземных гнездящихся птиц, зайчата, лишаются укрытия грызуны (кормовая база хищников), а также поздно гнездящиеся птицы, которые вынуждены перемещаться на невыгоревшие участки, что, в конечном счете, ведет к нарушению естественного хода процессов и явлений в экосистемах.

Степь всегда была связана с присутствием копытных животных и их воздействием на степные экосистемы, то есть поддерживался определенный баланс. Учитывая это обстоятельство, заповедник поставил перед собой задачу определить оптимальные пастбищные нагрузки, при которых степные экосистемы (включая присутствие копытных) могли бы сбалансирование функционировать и не подвергались бы вторичной деградации в условиях абсолютно заповедного режима. Для решения этой задачи начато проведение эксперимента по выпасу лошадей на специально отведенных площадях и ведение мониторинга на выпасаемых и невыпасаемых территориях.

© Г.В. Девяткин, Ю.И. Кустов, О.О. Липаткина, С.А. Окаемов, С.Н. Прокофьев, Э.В. Рогачева, И.В. Санникова, Е.Е. Сыроечковский, Ф.Р. Штильмарк. Хакасский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 129-143.