Хакасский государственный природный заповедник организован Распоряжением Правительства РФ 4 сентября 1999 года
№ 1004 на базе существующих заповедников "Чазы" (создан 16.08.1991 г. Постановлением СМ РСФСР № 432) и "Малый Абакан" (создан в 1993 г.).

Заповедник располагается в Южной Сибири на северном макросклоне Западного Саяна и в горных степях Минусинской котловины на территории Таштыпского, Усть-Абаканского, Боградского, Ширинского и Орджоникидзевского районов Республики Хакасия.

Охрана горных лесных и степных экосистем Минусинской котловины и Западного Саяна.

Заповедник состоит из девяти кластеров общей площадью 267 565,3 га. Наиболее крупными из них являются горно-таежные участки "Малый Абакан" (расположен в бассейне одноименной реки в бассейне Западного Саяна) площадью 97 829 га; и недавно присоединенный к заповеднику участок "Заимка Лыковых" (142 441 га), в верховьях р. Бол. Абакан, где в начале 1980-х гг. было обнаружено поселение старообрядцев Лыковых, более 60 лет не имевших контактов с внешним миром.

Остальные семь участков приурочены к степям - это "Подзаплотские болота" площадью 5 181 га, "Озеро Иткуль" (5 547 га), "Озеро Белё" (5 292 га), "Озеро Шира" (1 397 га), "Оглахты" (2 590 га), "Камызякская степь" с озером Улух-Коль (4 789,3 га) ( озеро Улух-Коль - орнитологический региональный заказник, находящийся в ведении заповедника), и "Хол-Богаз" (2499 га).

Охранная зона образована Решением Исполнительного комитета Совета Народных депутатов Хакасской Автономной Области от 13 февраля 1991 г. № 37 и Постановлением Совета Министров Республики Хакасия от 24 апреля 1994 г. № 102.
Участок "Малый Абакан" окружен охранной зоной шириной 1 км с режимом традиционного природопользования, который ограничен промысловой охотой на соболя и сбором ягод. По периметру каждого степного участка имеется 500-метровая охранная зона, где разрешена ограниченная хозяйственная деятельность (выпас скота, сенокошение).
Общая площадь охранной зоны заповедника составляет 167 648,75 га.

Заповедник уделяет исключительно большое внимание эколого-просветительской деятельности. В окрестностях заповедника расположен курорт "Ширинские озера", активно посещаемый туристами.

Орнитологический заказник "Озеро Улух-Коль" внесен в Перспективный список особо ценных водно-болотных угодий Рамсарской конвенции.