На территории заказника отмечено 276 видов сосудистых растений из 212 родов и 58 семейств.

К ведущим семействам флоры относятся: Poaceae (23 вида, или 8,33% всей флоры), Asteraceae (22 – 7,97%), Cyperaceae (15 – 5,44%), Rosaceae (15 – 5,44%), Ranunculaceae (14 - 5,07%), Salicaceae (11 – 3,99%), Caryophyllaceae (10 – 3,62%), Scrophulariaceae (10 – 3,62%), Apiaceae, Fabaceae, Polygonaceae, Lamiaceae и Potamogetonaceae (по 9 видов, или по 3,26%). Десятка ведущих семейств включает 138 видов, или 50% всей флоры. Набор и последовательность 10 ведущих семейств флоры заказника типичны для пойменных флор крупных сибирских рек в пределах таежной зоны.

Среди широтных групп ареалов преобладают виды умеренного (61,69%) и внетропического (26,09%) геоэлемента. Среди долготных групп ареалов доминируют голарктические (30,08%), евразиатские (28,63%) и западноазиатско-европейски виды (20,29%).

Биологическая структура сосудистой флоры заказника насчитывает 10 видов настоящих и 7 видов кустовидных деревьев, 13 видов кустарников и 1 вид кустарничков, 3 вида полукустарников и 1 вид полукустарничков, 197 видов травяных многолетников и 44 вида травяных малолетников. Среди травянистых многолетников отмечено 95 вегетативно подвижных и 79 видов вегетативно малоподвижных наземных трав и 23 вида водных трав. Поскольку в речных поймах в связи с эрозионной деятельностью водотоков широко распространены динамичные намываемые и размываемые субстраты, важным адаптивным свойством является способность растений отрастать после отложения аллювия, удерживаться на размываемом субстрате либо захватывать новообразующиеся поверхности путем горизонтального разрастания. Эти особенности и подчеркиваются при группировке наземных травяных многолетников по типам подземных побеговых систем и характеру вегетативного расселения. Так к вегетативно подвижным относятся длиннокорневищные, корнеотпрысковые, подземностолонные, наземностолонные и ползучие виды, а к малоподвижным – короткокорневищные, рыхлокустовые, плотнокустовые, клубнекорневые, короткоползучие, луковичные и сапрофитные виды.

Среди гидроэкологических груп ведущими являются эумезофиты (36,23%), гидромезофиты (23,55%), ортогидрофиты (12,32%) и гипогидрофиты (11,60%). Среди трофоэкологических групп лидируют мезоэвтрофы (49,28%), мезотрофы (24,27%) и эвтрофы (18,84%).

В заказнике найдено 7 видов, занесенных в Красную книгу Ханты-Мансийского автономного округа (2003): Allium angulosum (лук угловатый), Coleanthus subtilis (колеант маленький), Elatine hydropiper (повойничек водноперечный), Iris sibirica (касатик сибирский), Pulmonaria mollis (медуница мягкая), Scrophularia nodosa (норичник узловатый), Veronica spicata (вероника колосистая). У южной границы заказника отмечен еще один вид Красной книги ХМАО: Astragalus uliginosus.

Флора мохообрзных насчитывает 98 видов, из них в Красную книгу ХМАО занесены 5: Physcomitrella patens (фискомитрелла отклоненная), Neckera pennata (неккера перистая), Bryohaplocladium microphyllum (бриогаплокладиум мелколистный), Bryhnia novae-angiae (бриния новоанглийская), Plagiothecium latebricola (плагиотециум скрытный).

Флора лишайников насчитывает 172 вида, из которых в Красную книгу ХМАО занесены 4: Collema nigrescens (коллема чернеющая), Bryoria fuscescens (бриория буроватая), Tuckneraria laureri (тукнерария Лаурера), Phaeophyscia hispidula (феофисция коротко щетинисто-волосистая).

Геоэлементы – широтная группа ареалов.
Гидроэкологические группы – экогруппы, выделенные по фактору увлажнения, трофоэкологические – по фактору богатства-засоления почв.

© Таран Г.С., Седельников Н.В., Писаренко О.Ю., Голомолзин В.В. Флора и растительность Елизаровского государственного заказника: (Нижняя Обь). - Новосибирск: Наука, 2004. - 212 с.