Современное антропогенное воздействие на природу Усть-Ленского района сравнительно невелико, несмотря на использование его биологических ресурсов (оленеводство, охотничий и рыбный промыслы). Антропогенные нарушения почвенно-растительного покрова носят почти повсеместный, но большей частью не катастрофический характер. Поверхность тундры еще до образования заповедника была исполосована следами вездеходов, особенно густыми в окрестностях полярных станций, постоянных рыболовецких участков, поселков и т. д. Вездеходные следы не исчезают долгое время: они порождают процессы, отличные от тех, которые протекают в окружающей тундре. Типичные изменения таковы: грунт под нарушенным растительным покровом, лишенный защиты, в теплое время года протаивает на значительную глубину. В водоупорных вечномерзлых породах образуется микроложбина, в которую стекает вода с прилегающих участков тундры. В результате на полосе следа устанавливается особый водно-тепловой режим. При возобновлении растительности здесь поселяютбя тепло- и влаголюбивые растения. Ярко-зеленые полосы такой растительности хорошо заметны на общем зеленовато-буром фоне тундры.

В протоки дельты поступает основная часть биогенных веществ и тепла речного стока Лены, что создает благоприятные условия для развития фауны беспозвоночных, которые являются важным кормом рыб. В связи с этим, значение дельты Лены и прилежащей акватории моря Лаптевых в поддержании и увеличении численности полупроходных рыб очень велико. Этот район – основная нагульная зона сиговых. Здесь собираются на откорм и зимовку практически все возрастные группы нельмы, ряпушки, омуля, муксуна и др. В зоне смешения насыщенных биогенными веществами пресных ленских вод с морскими водами происходит формирование нерестовых стад особо ценных промысловых видов, которые осенью поднимаются вверх по Лене к местам нереста. Особое значение имеет восточная часть дельты Лены как наиболее низменная и состоящая из большого количества проток, густота которых в три раза больше, чем в западной реликтовой части дельты. Однако эта часть дельты осталась за пределами заповедника и включена только в ресурсный резерват “Лена-Дельта”. Именно в этой части дельты ведется интенсивный промысел рыбы, причем участки лова из года в год остаются постоянными. Такая практика лова без учета половой и возрастной структуры стад ведет к сокращению воспроизводства рыбных ресурсов, препятствует их восстановлению: в настоящее время идет массовый вылов рыб с преобладанием неполовозрелой части популяций; лимит рыбодобычи не соответствует наличным ресурсам. Несмотря на неблагополучное состояние популяций полупроходных рыб (особенно нельмы и муксуна) в дельте Лены, вылов их за последние годы увеличен. Далеки от идеала и условия естественного воспроизводства рыб, так как немногие половозрелые особи могут дойти до мест размножения. Причиной этого является разветвленная сеть рыбопромысловых участков на Лене и, хотя и слабая, но все же загрязненность вод нефтепродуктами, фенолами, различными детергентами и др.

У ряда видов животных наблюдается значительное снижение численности или сокращение ареала. Прежде всего это относится к таким крупным млекопитающим, как морж, белый медведь, некоторым видам птиц из отряда гусеобразных (гуси, чирок-клоктун и др.), из рыб – к нельме, муксуну, чиру. Так, например, за последние 20 лет численность гусей сократилась в 3 раза. Запасы муксуна в Лене, по сравнению с довоенным периодом, сократились более чем в 155 раз, нельмы – в 17 раз.

В 1989 г. совхозом “Таймырский” была построена направляющая изгородь, протянувшаяся на сотни километров от горы Америка-Хайа (дельта Лены) до р. Оленек. С установкой изгороди были нарушены естественные пути миграции животных. Основная масса оленей стала проходить на летовку в дельту Лены и к местам зимовок из дельты только на участке Нагым-Делюнг. Спустя несколько лет олени перестали мигрировать через центральную часть дельты, летнее стадо сократилось почти в 25 раз. Большинство животных остается летовать на склонах кряжа Чекановского, примыкающих к дельте с запада.

© Е.Н. Абрамова, И.А. Ахмадеева, А.Ю. Гуков, Ю.В. Лабутин, А.И. Пуляев, Д.В. Соловьева, 1999 г.