Усть-Ленский государственный природный заповедник организован 18 декабря 1985 года Постановлением СМ РСФСР № 571.

Заповедник расположен в устье Лены и на западном склоне северной оконечности хр. Хараулах, на территории Булунского района (улуса) Республики Саха (Якутия).

Целью создания заповедника является охрана и изучение экосистем дельты одной из крупнейших рек Сибири, охрана нельмы и сиговых рыб, мест массового гнездования водоплавающих перелетных птиц, самой северной в Евразии популяции черношапочного сурка , а также самых северных в Якутии массивов леса (о. Тит-Ары на Лене).

Общая площадь заповедной территории - 1 433 000 га.

2; "Дельтовый" (между протоками Арынской и Мачаа-Юёсэ), площадью 1300 тыс. га и "Сокол" (занимает северные отроги Хараулахских гор), площадью 133 тыс. га.

Охранная зона заповедника была создана Постановлением СМ Якутской АССР № 111 от 13.03.1986 г. В 1993 году Постановлением Правительства Республики Саха (Якутия) № 33 от 4 апреля архипелаг "Новосибирские острова" был включен в охранную зону.
Общая площадь охранной зоны составляет 1 050 000 га.
В 1996 году на правах структурного подразделения заповедника был создан природный резерват "Дельта Лены" республиканского подчинения.

Территория заповедника включена в Список Всемирного природного наследия ЮНЕСКО в 2000 году (номинация "Дельта Лены").

В 1995 году на территории заповедника была организована международная биологическая станция "Лена-Норденшельд".