Заповедник находится на стыке Алданского плоскогорья и Приленского плато. Выровненные пространства Алданского нагорья с глубоко врезанными долинами рек и гольцовыми массивами останцов в южной части заповедника достигают высоты 900-1100 м н.у.м. С продвижением на север к р. Лене абсолютная высота плоскогорья постепенно снижается.
В геологическом строении Алданского плоскогорья участвуют три комплекса пород: докембрий, нижний кембрий и юра. Фундамент Алданского щита слагают докембрийские граниты, гнейсы, кристаллические сланцы и кварциты.
На севере Алданское нагорье постепенно переходит в Приленское плато с абсолютными высотами 700-800 м. Южная граница Приленского плато проходит в пределах заповедника с запада на восток по линии от устья р. Крестиях до р. Амга. Рельеф Приленского плато в современном виде слагается из выровненных, порой слабоволнистых ступенчатых поверхностей междуречий, ограниченных крутыми полуобнаженными склонами. Часть Приленского плато в районе р. Туолба представлено Туолбинской поверхностью выравнивания. Это наиболее древний участок современного рельефа, сформировавшийся до первого оледенения в горах Южной Якутии.
Предполагается, что на территории Олекмо-Амгинского междуречья было три оледенения. Первое и самое большое, среднечетвертичное, сформировало горнодолинные ледники. В результате изменения климата на смену лесам пришли холодные степи. Во время потепления после второго оледенения сформировалась современная растительность. Последнее оледенение, происходившее приблизительно 600 тыс. лет назад, не оказало сильного влияния на климат и растительность этой территории.
Процессы преобразования рельефа идут и в настоящее время. Это прежде всего углубление русел рек, и в первую очередь Олёкмы, перераспределение ими смытого материала, физико-химическое выветривание горных пород, образование каменных потоков – курумов. Особенно многочисленны курумы в южной части заповедника. Нагромождения глыб и крупных обломков, покрывающие вершины гольцов, длинными языками спускаются по склонам, достигая леса. Ширина этих каменных потоков – несколько десятков метров, длина - сотни метров и даже несколько километров. Вместе с водой из-под курумов на ровные участки выносится мелкозем. В таких местах образуются небольшие болота – мари. Здесь же происходит выход на поверхность текущих из-под курумов вод.
Климат в районе заповедника резко континентальный. Территория почти не испытывает влияния ни атлантических, ни тихоокеанских масс воздуха (Пармузин, 1985). Решающее влияние на климат оказывает сибирский антициклон, который устанавливается над обширным районом Центральной и Южной Якутии с середины октября. Он увеличивает продолжительность зимы до шести месяцев. Антициклон сопровождается безоблачностью (91 день в году), безветрием (232 дня в году), устойчивыми крепкими, а иногда жестокими морозами - до -60°С. Среднеянварская температура (-33°С) более чем на 20° ниже средних температур на шестидесятой параллели в других районах. Циклоны зимой крайне редки. Они приходят либо с запада, либо с севера, с побережья Северного Ледовитого океана и повышают температуру до -15° -20°С. Оттепелей не бывает.
Постоянный снежный покров устанавливается в среднем 18 октября и держится примерно 200 дней при средней высоте 30-40 см.
С продвижением на юг, в предгорьях, мощность снежного покрова увеличивается, достигая 70 см и более. Сильные ветры часто сносят снег с горных вершин в верховьях долин. Из-за отсутствия оттепелей снег очень рыхлый, поэтому передвигаться зимой, особенно в южной части заповедника, нелегко.
С марта антициклон начинает разрушаться. Весна на Олёкме короткая, бурная, очень солнечная, с низкой, как в пустынях, относительной влажностью воздуха (30-45%). Снег начинает испаряться задолго до наступления положительных среднесуточных температур (приблизительно 26 апреля) и сходит через 4-5 дней после начала разрушения снежного покрова. Весенних распутиц практически нет, испарение в 3-4 раза превышает количество осадков. Разрушение антициклона сопровождается усилением ветров. Арктический фронт становится чрезвычайно подвижным, и случаются прорывы холодного северного воздуха, вызывающие заморозки. В результате возрастают колебания суточных температур, достигающие очень больших значений: 30-35 градусов.
Лето жаркое. На Приленском плато, в северной части заповедника, в долинах Туолбы и Амги, максимальная температура воздуха достигает +37-40°С, в южной части +33-35°С. Средние июльские температуры +16–18°С. Жара устанавливается с середины июля; в конце июля в межгорные впадины и расширенные участки долин, только что освободившиеся от прошлогоднего снега и наледей, по ночам стекает холодный воздух. Он быстро охлаждает нагретые солнцем долины. К августу этот процесс усиливается, и возникают заморозки. С весны и до августа увеличивается облачность, а вместе с ней нарастает интенсивность атмосферных осадков. За лето их выпадает в среднем 188-200 мм (около 50% всего годового количества). Начиная со второй половины августа преобладают западные ветры, что связано с ослаблением дальневосточного муссона.
Осень, как и весна, непродолжительна. Она начинается в сентябре, а с начала ноября температура не поднимается выше 0°С, а морозы доходят до -40°С.
Дожди в конце лета и осенью имеют большое значение для жизни растений. К этому времени максимально протаивают почвогрунты. Если дожди успевают насытить деятельный слой до начала морозов, то следующей весной в начале вегетации растения не будут страдать от недостатка влаги.
Заповедник находится в зоне сплошной вечной мерзлоты. Толщина мерзлого слоя 100-200 см, его температура –3°-4°С. Сезонное протаивание незначительно: от 0,4 м на северных склонах до 1,5-2,0 м на южных. Под руслами крупных рек – Олёкмы и Амги – встречаются талые участки (талики). Толщина безмерзлотного слоя небольшая, но мерзлоты здесь не бывает круглогодично. Чрезвычайно важна роль вечной мерзлоты для вегетации растений во время жаркого и засушливого лета.
“Сопоставляя высокое напряжение тепла в летние месяцы и малое количество выпадающих осадков, невольно приходиться удивляться вовсе не тому, что в Центральной Якутии мы встречаемся с так называемой инверсией растительных и почвенных зон, выражающейся в пятнистом внедрении далеко на север южных степных образований, а скорее тому, что там все же господствует тайга с сопровождающим ее комплексом явлений, а не полупустыни южно-киргизского типа. Почти всю Центральную Якутию на почвенных и геоботанических картах пришлось бы закрашивать в степные, а может быть и в полупустынные тона, если бы мы не имели дело с одним чрезвычайно важным природным фактором, а именно с “вечной мерзлотой”, т. е. с постоянно мерзлой подпочвой” (Аболин, 1929).
Все почвы района заповедника относятся к подтипу холодных, длительнопромерзающих. Предгорное положение района и сильная расчлененность рельефа определяют поясность всех ландшафтных элементов, в том числе и почв. На высоте 1000-1100 м н.у.м. проходит граница между тундро-гольцами и тайгой, а редкостойная тайга из даурской лиственницы с кедровым стлаником в пределах высот 900-1000 м выделяется как верхнетаежный подпояс. В горной тундре преобладают процессы денудации (постепенного выравнивания рельефа в результате разрушения и переноса горных пород), поэтому здесь развиты гольцовые поверхности с накипными лишайниками, а маломощный, всего 10-15 см, почвенный слой гумусированного мелкозема встречается лишь местами, только по трещинам и выемкам. В почвенном профиле можно выделить сухоторфянистый горизонт подстилки и лежащий под ним щебнисто-каменистый мелкозем кофейного цвета.
В поясе верхней тайги (700-900 м н.у.м.) преобладают подзолистые и элювиально-гумусовые почвы. Подзолы формируются под лиственничниками и являются переходными к типично подзолистым почвам. Последние - одни из самых распространенных в заповеднике. Они занимают слабонаклонные поверхности платообразных водоразделов, средних и высоких террас и характерны для среднетаежного пояса (600-850 м н.у.м.). В условиях сложного расчлененного рельефа заповедника скорость образования подзолистого горизонта выше скорости сноса мелкозема.
Подножья склонов и выровненные участки речных террас на высотах 400–500 м н.у.м. занимают мерзлотно-таежные почвы, в которых элювиальные горизонты, как правило, не выражены. Исключение составляют заболоченные почвы: в них накапливается мощная подстилка, часто оторфованная. Такие почвы залегают обычно под сосново-лиственничными и смешанными лесами. В долинах рек мерзлотно-таежные почвы переходят в мерзлотно-болотные. Их образованию способствует дополнительное поступление вод поверхностного стока с вышерасположенных участков и водоразделов. К тому же в долинах более холодный микроклимат и, как следствие, хорошо развит мерзлотный водоупор. Болотные верховые и переходные почвы образуются только на бескарбонатных горных породах.
Вблизи русел рек, в местах их излучин, имеются узкие, шириной обычно не более 10 м, полосы настоящих лугов, развитых на мерзлотных аллювиальных (пойменных) почвах.
Все реки заповедника принадлежат бассейну Лены. Олёкма – один из самых крупных правых ленских притоков: ее длина 1436 км, площадь бассейна – 201 187 км2, годовой сток в устье - 61,5 км3. Речная сеть в бассейне развита достаточно хорошо.
Район заповедника приходится на среднее течение Олёкмы. Русло реки галечное, каменистое, устойчивое, шириной от 300 до 500 м.
В границах заповедника Олёкма двулика. В теснинах Алданского нагорья река сжата скалистыми берегами, глухо шумит на многочисленных перекатах, переливается шиверами, но крупных порогов здесь нет. Со скал часто падают крупные глыбы, загромождающие русло. Вытекая на Приленское плато, воды Олёкмы раздвигают долину. Мощные утесы уступают место невысоким скалистым обрывам, которые в районе ручья Басынай являются как бы “воротами” в нижнюю Олёкму.
Путешественники и исследователи, побывавшие на Олёкме, отмечали, что вода по всей реке очень темная, но прозрачная. Чистота воды сохранилась до настоящего времени, хотя следы человеческой деятельности все чаще стали встречаться по берегам: река в половодье доставляет из поселков БАМа, расположенных выше по течению, бытовой и строительный мусор.
Если бы заповедник не прилегал к Олёкме, то, очевидно, получил бы название “Верхне-Амгинский”, так как под заповедную охрану взят бассейн верховьев крупного притока Алдана – Амги (длина 1462 км, средний годовой расход воды 178 м3/с, площадь бассейна 75 000 км2). Название реки – от эвенкийского слова “амнга” - падь, ущелье. Вскрывается 15–17 мая, замерзает 20-25 октября.
Амга берет начало на заболоченных выровненных пространствах Алданского нагорья и почти 150 км течет по заповеднику на север, принимая 23 притока. С востока к Амге подступают Амгинские столовые горы, являющиеся водоразделами между Амгой и Алданом. Верховья Амги – самый труднодоступный и нетронутый участок заповедника.
В заповеднике берет начало еще один приток Лены - река Туолба (в переводе означает – богатая, обильная). Длина ее 395 км. Это неторопливая и спокойная река, протекающая по наиболее древнему в геологическом отношении району – Туолбинской поверхности выравнивания. Рельеф этого района более спокойный – плоские водоразделы заболочены, вся поверхность покрыта лесами. Туолба интересна в палеонтологическом отношении: в последние годы здесь обнаружены остатки мамонта и других доисторических животных.
Длина большинства остальных рек заповедника, кроме притока Олёкмы Крестияха (до 200 км с притоками), не превышает 30–40 км. Они мелководные, имеют типично горный характер, основное питание получают от талых и дождевых вод. В долинах рек часто образуются наледи, которые иногда достигают длины нескольких километров и нередко существуют до конца лета. В заповеднике несколько речек имеют название “тарын” (в переводе с якутского - “наледь”).
Озер в заповеднике немного, все они старичные и находятся в долинах Олёкмы, Туолбы и Амги. Самые крупные пойменные озера расположены в охранной зоне заповедника, в районе метеостанции Джикимда. Некоторые из этих озер не промерзают до дна, поэтому в них водится рыба.
© Ю.Ф. Рожков, А.Д. Карпенко, П.В. Голяков, О.Ю. Рожкова. Олекминский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. I, - М., Логата, 1999. с. 162-170