Основная тема научных исследований заповедника – “Изучение явлений и процессов, протекающих в природном комплексе заповедника”. Эта тема выполняется по программе “Летописи природы”. В настоящее время ввиду молодости заповедника охвачены исследованиями лишь отдельные пункты программы. Тем не менее уже проведена немалая работа. Начат сбор материалов по программе “Летописи природы”, проведены аэровизуальные учеты численности лося, инвентаризация птичьих базаров, учет численности сивуча, начато изучение биологии тетеревиных птиц.
Диктуется необходимостью и представляется возможным в будущем некоторое расширение границ заповедника. Целесообразно включить в территорию Кава-Челомджинского участка весь водосбор левого берега Челомджи, где еще сохранились нетронутыми тополевые и чозениевые леса и самые продуктивные в Магаданской области лиственничники, которые в настоящее время подвергаются интенсивной вырубке. Необходимо отметить, что все притоки левого берега Челомджи являются нерестилищами проходных лососей, сбережение запасов которых имеет первостепенное значение.
Желательно также увеличить площадь заповедного участка на п-ове Кони, установив его границу по правому берегу Сиглана. Этот участок интересен тем, что его восточная граница занята горными лиственничниками с густым подлеском из кедрового стланика, березки Миддендорфа, камчатского ольховника, рябины и золотистого рододендрона. Встречается также и очень редкая на Северо-востоке осина. На узкой перемычке, разделяющей бухту Мелководную с долиной Сиглана, развиты осоково-пушициевые тундры, характерные для низовьев Анадыря.
В целом организация государственного заповедника “Магаданский” – это первый этап в развитии на континентальной части Северо-востока страны сети особо охраняемых территорий – эталонов природы.

© А.К. Котляр, А.С. Новиков, С.В. Тархов. Магаданский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Дальнего Востока. - М, Мысль, 1985.