На о-ве Кунашир совместно обитают как представители теплолюбивой фауны южных хвойно-широколиственных лесов, так и широко распространенные палеоарктические виды.

Самый крупный зверь — бурый медведь. В хвойных лесах северного заповедного участка обитает соболь. Многочисленны лисица, заяц-беляк. Редки ласка и горностай. Из насекомоядных встречаются когтистая и дальневосточная бурозубки. Из 227 видов птиц, отмеченных на о-ве Кунашир, 107 достоверно гнездятся, остальные — пролетные, залетные и зимующие.

Эндемом южных Курильских островов является тисовая синица. К островным эндемикам с более широким ареалом (Южные Курилы, Южный Сахалин, Японские острова) относятся японская желтоспинная мухоловка, японская зарянка, японская завирушка и рыжий воробей. Редкие залетные птицы — зеленый, голубь, рыжеухий бюль-бюль, большой пегий зимородок. Кунашир — южное место зимовки розовой чайки. На острове отмечено 15 видов дневных хищных птиц и 8 видов сов. К редким видам для острова относятся крупные дневные хищники — белохвостые и белоплечие орланы и орел-беркут. Самая крупная из ночных хищных птиц — рыбный филин. На островках и скалистых берегах селятся морские колониальные птицы, образующие птичьи базары, — тихоокеанская морская чайка, топорок, тупик-носорог и др. Все виды пресмыкающихся — эндемики Кунашира. К ним принадлежат ящерица дальневосточный сцинк и три вида змей — островной, малочешуйчатый и японский полозы. Из амфибий отмечено два вида — дальневосточная квакша и дальневосточная лягушка. Некоторые острова, входящие в состав заповедника, служат местом линьки, отдыха и размножения самых крупных тюленей Дальневосточного бассейна Тихого океана — сивучей и антура (островного тюленя). На Кунашире встречается большое количество маньчжурских, японских, японо-китайских и других южных видов насекомых, а также значительное количество эндемичных островных форм сахалино-курило-хоккайдского и собственно курильского генезиса. Известный дальневосточный зоогеограф и энтомолог А.И. Куренцов рассматривает этот район как особый Хоккайдско-Курильский центр эндемизма на Дальнем Востоке.

© Васильев Н.Г., Шалыбков А.М. Курильский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Дальнего Востока. - М, Мысль, 1985.