Особая роль Зейского заповедника в сохранении экосистем дальневосточного региона определяется его положением на рубеже собственно Дальнего Востока и Восточной Сибири. Представленные здесь ландшафты – связующее звено типично приамурских и типично сибирских природных комплексов. Располагаясь в непосредственной близости от крупного гидроузла и трассы БАМа, заповедник приобретает значение индикатора природной среды на территории, вовлеченной в интенсивное хозяйственное освоение. Анализ былых и современных нарушений экосистем, тенденций их динамики становится здесь исключительно важным.

Природные комплексы, не несущие следов нарушений, сохранились приблизительно на 1/3 площади Зейского заповедника. Это лиственничные мари, ельники верхнего пояса гор, заросли кедрового стланика, участки горных тундр и пойменных лесов. Лиственничники, белоберезники, смешанные березово-лиственничные и елово-лиственничные леса в значительной своей части производны, возникли на местах былых пожаров и рубок. В условиях заповедного режима аянская ель постепенно проникает под полог светлохвойных и мелколиственных лесов; наметилась тенденция восстановления коренных типов леса, особенно в центральной части заповедника. Эти смены повлекут за собой глубокую перестройку ценозов, изменят позиции флористических и фаунистических элементов различного происхождения. Виды-спутники ели с развитием указанной тенденции будут прогрессировать.

Воды Зейского водохранилища затопили значительные участки долин Зеи и Гилюя и прилегающие к ним нижние части горных склонов. При этом особенно пострадали местообитания растительных сообществ южного облика, где были сконцентрированы элементы флоры и фауны приамурского (маньчжурского) комплекса. В долинах Зеи и Гилюя оказались под водой леса с участием липы амурской, ильмов японского и лопастного, сирени амурской, черемухи Маака, тополя Максимовича, дуба монгольского, березы даурской, яблони ягодной. К этим сообществам были приурочены такие теплолюбивые растения, как калины Саржента и бурятская, леспедеца двухцветная, лещина разнолистная, барбарис амурский, ландыш Кейске, щитовник амурский, рябчик Максимовича, дрема сверкающая, а из деревянистых лиан – лимонник китайский. Лучшие условия обитания находили здесь и представители маньчжурской фауны. Поднятие уровня водохранилища привело также к сокращению площади лугов и долинных болот, на которых произрастали некоторые редкие виды растений, в частности из семейства орхидных. С перекрытием русла Зеи началась глубокая перестройка населения рыб, резко изменились условия обитания водоплавающих и околоводных птиц, наметились новые пути пролета птиц, а традиционные пути миграций млекопитающих (косуля), напротив, почти утратили свое значение. Создание водохранилища послужило толчком для длинной цепочки взаимодействий в сообществах, связанных с ним лишь опосредованно; такой характер носят, например, изменения условий охоты крупных хищников (рысь, волк) и их численности.

Стационарные наблюдения за динамикой сообществ в прибрежной полосе водохранилища остаются важнейшей задачей заповедника и на будущее. Поскольку сейчас заповедная территория соприкасается лишь с узкими его заливами, то для полноценного изучения того влияния, которое водохранилище оказывает на природные комплексы, необходимо расширение заповедника в юго-восточном направлении, до мест, где ширина водного зеркала достигает 30–70 км (Братенков, 1981). Потребность в увеличении площади заповедника проистекает и от других причин. Здесь пока явно недостаточно представлены такие характерные для Приамурья сообщества, как лесные болота (мари), темнохвойные леса, заросли кедрового стланика и горные тундры. Охрана этих сообществ станет гораздо более надежной, если присоединить к заповеднику сопредельный высокогорный участок хребта Тукурингра к северу, до рек Малый Чимчан и Тукурингра. Столь же важно расширить территорию в юго-восточном направлении, где на выположенных формах рельефа распространены не только лиственничные, но и сосновые леса, ныне в заповеднике отсутствующие. Все эти цели могут быть достигнуты при увеличении площади заповедника приблизительно до 100 тыс. га.

Расположенный у географических рубежей Дальнего Востока и одновременно в зоне интенсивного промышленного освоения, Зейский заповедник призван внести принципиально важный вклад в региональный мониторинг (слежение за состоянием природной среды). Проведенные здесь исследования послужат основой прогноза изменений природных комплексов под воздействием тех же факторов на других близких в ландшафтном отношении территориях. Речь идет, в частности, о строительстве ГЭС и водохранилища на Бурее. Из более частных, но не менее важных задач заповедника следует отметить необходимость тщательного учета всех сохранившихся участков, где представлены элементы маньчжурской флоры и фауны, разработки дополнительных мер их охраны. Специальный интерес представляет изучение экологии видов южного происхождения у северного предела их распространения. Под постоянным контролем должно находиться состояние популяции уникального эндемика темнохвойной тайги охотского типа – дикуши.

© Н.Г. Васильев, Е.Н. Матюшкин, Ю.В. Купцов. Зейский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Дальнего Востока. - М, Мысль, 1985.