Практически не нарушенные природные комплексы занимают не более 1/3 территории Большехехцирского заповедника. Это в основном пихтово-еловые, кедрово-еловые леса и небольшие участки каменноберезников. Особенно сильные изменения претерпели лесные экосистемы равнин, прилегающих к подножиям Хехцира, где некогда преобладали лиственничники. Теперь они на значительной площади сменились белоберезниками и осоково-вейниковыми лугами; кедрово-широколиственные леса предгорий и нижней части горных склонов тоже испытали многократное воздействие рубок и пожаров. Не менее чем половину прежде принадлежавшей им территории они уступили белоберезникам, осинникам и смешанным широколиственным лесам с небольшой долей участия кедра.

В предгорьях и на горных склонах развивается естественный процесс восстановления коренных хвойно-широколиственных лесов; на прилегающих равнинах смены приняли большей частью необратимый характер. Здесь для восстановления коренных типов лиственничников необходимо вмешательство человека. Особое внимание должно быть уделено охране лесов заповедника от пожаров. Для Хехцира, расположенного в ближайших окрестностях большого города, эта задача особенно актуальна. Возникновение лесных пожаров чаще всего связано с проникновением на заповедную территорию людей в пожароопасный период: Хехцир привлекает сборщиков грибов и ягод. Заповеднику совершенно необходима охранная (буферная) зона, особенно у той части границы, которая проходит вблизи пригородов Хабаровска. В пожароопасный период доступ людей как в заповедник, так и в охранную зону должен быть полностью исключен. Нужен более строгий контроль за дорогами общего пользования, подходящими к заповедной территории.

Требует постоянного внимания охрана таких редких видов растений, как башмачки настоящий, крупноцветковый и пятнистый, лилии даурская, Буша и двухрядная, пион обратнояйцевидный, дрема (лихнис) сверкающая, касатик мечевидный, лимонник китайский, груша уссурийская. Из года в год должны продолжаться наблюдения за численностью редких животных. Среди рептилий это красноспинный и амурский полозы, живородящая ящерица (Тагирова, 1981); среди птиц – скопа, орлан-белохвост, белый и черный аисты, мандаринка (Воронов, 1981), а также райская мухоловка; из млекопитающих к таковым надо отнести длиннохвостую мышовку, кабаргу, выдру, амурского лесного кота (Черных, 1981). Нуждаются в особой хране водоемы Большехехцирского заповедника, с которыми связаны, в частности, редчайшее реликтовое водное растение – бразения Шребера и такой уникальный представитель восточноазиатской фауны, как дальневосточная мягкотелая черепаха. На опасность, угрожающую водоемам заповедника, указывает уменьшение запасов рыбы в р. Чирке вследствие попадания в нее ядохимикатов с сельскохозяйственных угодий (Черных, 1981).

Перспективная задача заповедника в области научных исследований – комплексное стационарное изучение экосистем Среднего Приамурья, чему служит уже заложенный постоянный экологический профиль. В связи с сильной нарушенностью лесов заповедника особое значение приобретают исследования восстановительной динамики основных лесных формаций. Условия Большехехцирского заповедника благоприятствуют выполнению им функций мониторинга – долговременного слежения за состоянием природной среды. Его преимущества в этом отношении – расположение у слияния двух крупнейших рек юга Дальнего Востока; теснейшая взаимосвязь экосистем суши и пресных вод; контрастность и “сжатость” высотно-поясного ряда смен сообществ; изолированность горного массива, что делает его удобной базой для популяционных исследований; расположение заповедника в ближайших окрестностях большого промышленного города.

Главная цель Большехехцирского заповедника – сохранить для будущих поколений совсем рядом с Хабаровском, бок о бок с мощной индустрией и землями, вовлеченными в интенсивное сельскохозяйственное производство, островок малоизмененных ландшафтов, дающий яркое представление о богатстве и разнообразии дальневосточной природы в целом.