Заповедник расположен в Хабаровском районе Хабаровского края, всего в 15–20 км южнее Хабаровска, одного из самых крупных городов Дальнего Востока. Западная граница охраняемой территории проходит по берегу Уссури, рядом с государственной границей России; юго-западная и южная – по руслу Чирки, притока Уссури; восточная и северо-восточная обходят освоенные земли, протягивающиеся вдоль железной дороги и примыкающие к пригородам Хабаровска.

При впадении Уссури в Амур на правом ее берегу поднимается гряда лесистых сопок, местами обрывающихся к реке скалистыми утесами. Она тянется к западу не более чем на полсотни километров – сначала вдоль берегов протоки Амурской, затем в направлении бассейна небольшой речки Сита. Это возвышающийся среди озерно-аллювиальных равнин островной низкогорный массив Хехцир. От ближайших гор – западных отрогов Сихотэ-Алиня – Хехцир отделен неширокой (50–75 км) полосой плоских, большей частью заболоченных равнин. Орографически хребет четко подразделяется на две части – Большой и Малый Хехцир, глубокое понижение между которыми было использовано при строительстве железной дороги Хабаровск – Владивосток. Границы заповедника охватывают почти целиком Большой Хехцир – ту часть массива, которая заключена между долиной Уссури и железной дорогой.

По схеме физико-географического районирования региона Ю. П. Пармузина (1961, 1964), Хехцир входит в Хабаровский равнинно-останцовый ландшафтный округ предлесостепной подзоны Амурско-Приморской страны. В отличие от Хинганского заповедника, который непосредственно примыкает к самому крупному очагу развития ландшафта дальневосточной влажной лесостепи – Зейско-Буреинскому, Большехехцирский удален от него; лесолуговые ландшафты “приводятся” к подножиям Хехцира только речными поймами. В. В. Никольская, Д. А. Тимофеев, В. П. Чичагов (1969) относят рассматриваемую территорию к физико-географической провинции влажных лугово-широколиственных среднеамурских равнин и островных гор, рассматривая ее в рамках страны “Система гор и межгорных равнин бассейна среднего и нижнего Амура”. ЕслиЗейский и даже Хинганский заповедники лежат у передовых рубежей территории собственно юга Дальнего Востока, то Большехехцирский уже приближен к “сердцевине” этой части региона.

Большехехцирский заповедник, как и другие заповедники Приамурья, был организован в 1963 г. Первоначально намечалось, что эти заповедники будут играть роль пригородных охраняемых территорий типа национальных парков (Стариков, Степанов, 1963), чем и объяснялся выбор участка для заповедания вблизи Хабаровска. Вскоре, однако, стало ясно, что четыре небольших по площади заповедника, образующие последовательный ряд вдоль по течению Амура и Зеи, представляют очень большую ценность в отношении охраны природы всего региона; по своему режиму и статусу они были приравнены к другим заповедникам Дальнего Востока России.

Большехехцирский заповедник был выделен из состава Хехцирского лесхоза, в котором до 1963 г. велись рубки главного пользования и лесохозяйственные мероприятия. Более давнюю историю имеет охрана животного мира этого горного массива: до создания заповедника здесь в течение ряда лет существовал охотничий заказник.

До 1976 г. Большехехцирский заповедник подчинялся Хабаровскому комплексному научно-исследовательскому институту ДВНЦ АН СССР.

© Н.Г. Васильев, Е.Н. Матюшкин, Ю.В. Купцов. Большехехцирский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Дальнего Востока. - М, Мысль, 1985.
(с небольшими поправками редакторов сайта)