Весной 1931 г. была начата научная работа заповедника, разнообразная по тематике: изучались млекопитающие, насекомые, птицы, растения, почвы, геология, гидрология, проводились фитопатологические обследования.
В 1936 г. научную работу возглавил профессор В.В. Станчинский, который, развивая идеи В.Н. Сукачева и Д.Н. Кашкарова, сформулировал основные принципы комплексных исследований в заповедниках, считая, что почва, флора и фауна являются составными и неразделимыми частями ландшафтов, связанными в своем происхождении, развитии и эволюции.
В 1936 г. на территории заповедника Почвенным институтом им. В.В. Докучаева была создана почвенная станция, и впервые в стране начаты широкие стационарные исследования современных почвенных процессов. В этих исследованиях принимали участие И.С. Васильев, И.Н. Скрынникова, М.М. Абрамова, Н.В. Тюрин, А.И. Наткина, Г.Г. Кучинский и др. В 1940 г. В.Я. Частухиным и М.Н. Частухиной было начато микологическое и микробиологическое изучение еловых лесов, в ходе которого получены данные об огромной роли биологического фактора в современных процессах почво образования, установлены сезонность этих процессов и тесная связь с метеорологическими условиями.
В эти же годы Т.Т. Трофимовым была проведена первая инвентаризация флоры сосудистых растений и изучена типологическая структура еловых лесов. Н.И. Пьявченко на основе спорово-пыльцевого анализа геоботанического разреза торфяника «Старосельский мох» дал схему формирования флоры и растительности в послеледниковое время. Серия работ по изучению естественного возобновления ели и роли валежника в этом процессе была выполнена М.М. Ширской.
Первая и достаточно полная инвентаризация фауны беспозвоночных была проведена Д.В. Довнар-Запольским, Е.Ф. Лебедевой, А.С. Чистовским, Е.Г. Кузьминой, С.В. Покровским, В.В. Редикорцевым. П.Б. Юргенсон, И.А. Юргенсон, А.М. Кончиц собрали большой материал по видовому составу, численности и закономерностям биотопического распределения птиц и млекопитающих, однако опубликована лишь небольшая его часть, а большинство материалов, в частности по инвентаризации орнитофауны, не сохранились.
В 1937—1941 гг. в заповеднике организована регулярная метеослужба, начал работу музей, создана научная библиотека (около 2 тыс. томов), построена центральная усадьба. Штат научных сотрудников за эти годы вырос с 6 до 20 человек. В сентябре 1941 г. территория заповедника была оккупирована, погибли многие уникальные рукописи, экспонаты музея, почти вся научная библиотека.
В 1943 г., после освобождения территории, началось восстановление заповедника. Вновь были созданы библиотека и музей природы, продолжена научная работа.
Большой объем и результативность выполненных в 1931—1941 и в 1946—1950 гг. исследований значительно облегчили планирование и проведение научно-исследовательских работ в дальнейшем.
С 1963 г. в заповеднике проводятся комплексные исследования структуры и продуктивности экосистем еловых лесов. С этой целью заложена система эталонных пробных площадей, почвенно-геоморфологический профиль, фенологические и зоологические учетные маршруты.
Новый этап в развитии научных исследований в заповеднике начался в 1967 г., когда по инициативе академика В.Н. Сукачева были развернуты комплексные биогеоценологические исследования. Эти работы строились на многолетнем научном содружестве заповедника, Лаборатории экспериментальной фитоценологии Ботанического института им. В.Л. Комарова АН СССР (руководитель — В.Г. Карпов), а позднее и Почвенной экспедиции Московского университета (руководитель — Г.В. Добровольский) с участием специалистов других научно-исследовательских учреждений. В эти годы выяснялась устойчивость еловых лесов к воздействию различных факторов среды и их роль в динамике численности основных видов охраняемых животных (1962—1965 гг.); изучалась первичная и вторичная продуктивность экосистем коренных еловых лесов в соответствии с требованиями Международной биологической программы (1966— 1974 гг.); исследовались стабильность и устойчивость экосистем еловых лесов, структура, динамика и функции основных компонентов экосистем (1975—1980 гг.); проводился сравнительный анализ структуры и динамики растительного покрова и основных фаунистических комплексов естественных и нарушенных экосистем еловых лесов (1981 — 1985 гг.). В рамках этих программ сотрудники заповедника провели инвентаризацию ассоциаций еловых лесов (Е.С. Шапошников), анализ фено- и генотипического разнообразия популяции ели (В.В. Татаринов), инвентаризацию паукообразных (В.И. Желтухина), герпетофауны (А.С. Желтухин), орнитофауны (В.О. Авданин). Выполнены исследования по динамике, структуре и функциям почвенных беспозвоночных (Е.Д. Коробов), экологии тетеревиных птиц (Н.И. Волков), насекомоядных птиц, землероек, мышевидных грызунов, белки и куньих (В.А. Волков, А.В. Истомин, М.С. Волкова) , по экологии и поведению рыси (А.С. Желтухин) и бурого медведя (В.С. Пажетнов), разрабатываются методы охраны и обогащения популяций глухаря и европейской норки. Рекомендации специалистов заповедника по методам учета животных, охране редких видов и рациональному использованию охотничьих видов применяются как в самом заповеднике, так и в практике лесного и охотничьего хозяйства Калининской области.
Повторная инвентаризация флоры сосудистых растений проведена в 1970—1976 гг. Н.А. Миняевым (Ленинградский университет).
Работы по изучению первичной и вторичной продуктивности экосистем, выполненные на базе заповедника, получили научное признание, и в 1968 г. заповедник был включен в глобальную систему Международной биологической программы. Результаты исследований опубликованы в 10 книгах и более чем в 350 научных статьях.
В будущем особое значение приобретут работы по лесоразведению на базе уникального генофонда еловых лесов заповедника. Предстоит завершить селекционную инвентаризацию насаждений, перспективных для отбора хозяйственно ценных форм основных лесообразующих пород; отбор форм, их учет, описание, паспортизацию, заготовку семенного и прививочного материала. Конечной целью этих работ будет создание в охранной зоне элитных питомников основных лесообразующих пород, и прежде всего ели.
© Волков В.А., Литкенс В.С., Шапошников Е.С. Центрально-Лесной заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 184-206