В фауне заповедника доминируют представители европейской фауны, особенно многочисленные в неморальных ельниках. Виды восточной Палеарктики обитают в бореальных еловых лесах и, как правило, немногочисленны. В фаунистических комплексах единичны представители арктического, средиземноморского, китайского и монгольского типов фауны.
Териофауна заповедника изучалась с момента его организации, однако достаточно полная инвентаризация впервые была выполнена П.Б. Юргенсоном и И.А. Юргенсон в 1946—1950 гг. Кроме видов, постоянно встречающихся на территории заповедника, П.Б. Юргенсон включил в список млекопитающих заповедника и его окрестностей северного оленя, росомаху, ондатру, лесную, садовую и орешниковую сонь. Указанные виды сонь были зарегистрированы на территории Калининской области в 30-е годы. В эти же годы в районе заповедника отмечены единичные заходы росомахи. Пребывание северного оленя непосредственно на территории заповедника установлено достоверно. В 1928 г. местным охотником здесь был добыт олень, а в 1938 г. в центральной части заповедника найдены оленьи рога. В конце 30-х годов неоднократно встречали ондатр в охранной зоне на р. Ночной. С 1960 по 1984 г. ни один из этих видов не зарегистрирован ни в заповеднике, ни в его окрестностях. В настоящее время в заповеднике обитают 55 видов, относящихся к 40 родам, 18 семействам, 6 отрядам. Из насекомоядных в заповеднике обитают обыкновенный еж, обыкновенный крот, обыкновенная, малая, средняя, равнозубая и крошечная бурозубки. Крот обычен в луговых ассоциациях. Наиболее многочисленна обыкновенная бурозубка, численность которой во всех типах лесов значительно выше остальных видов бурозубок. Малой землеройке обычно принадлежит роль субдоминанта, но при экстремальных условиях она доминирует. Численность средней бурозубки значительно ниже, чем обыкновенной. Она встречается во всех типах леса и на вырубках, часто доминирует среди других видов землероек (в бореальных ельниках и особенно сфагновых).
Обыкновенная кутора, равнозубая и крошечная бурозубки малочисленны. Кутора, кроме того, характеризуется спорадическим распространением. Резкое снижение численности землероек вызывают высокий уровень верховодки, холодное и дождливое лето, малоснежная и суровая зима, холодная затяжная весна.
Соотношение видов землероек меняется по годам и сезонам — в неморальных ельниках доминируют западные палеаркты (обыкновенная и малая бурозубки), в бореальном, при депрессии численности обыкновенной бурозубки, доминирует восточный палеаркт — средняя бурозубка.
Распределение бурозубок по биотопам зависит от условий сезона. После морозных и малоснежных зим в начале лета больше всего землероек бывает в чернично-сфагновом ельнике как в самом «теплом» по сравнению с другими типами леса, а меньше всего — в сложном ельнике. В засушливый период распределение зверьков зависит от влажности подстилки и почвы. В ноябре, когда приручьевой ельник наиболее переувлажнен, землероек там практически не остается (2 экз. на 100 ловушко-суток), а обилие их в березняке достигает максимума именно в этот период (25 экз. на 100 ловушко-суток). В годы с умеренными погодными условиями землеройки распределены по типам леса довольно равномерно, но их значительно больше в неморальных ельниках. Питаются бурозубки преимущественно почвенными беспозвоночными. Продолжительность жизни землероек — около 18 месяцев.
В заповеднике обитает 5 видов гладконосых летучих мышей: ушан, рыжая вечерница, северный кожанок, двухцветный кожан и нетопырь Натузиуса.
Для фауны заповедника характерен заяц-беляк. Он повсеместно обычен и многочислен во всех типах леса, глубокой депрессии его численности не отмечали. Заяц-беляк служит основным кормом рыси и резервным для лесной куницы в период недостатка ее основных кормов.
Грызуны представлены наибольшим числом видов по сравнению с другими отрядами, среди них: беличьих — 1 вид, летяг — 1 вид, бобров — 1 вид, тушканчиковых — 1 вид, мышиных — 4 вида, хомякообразных — 7 видов.
Обыкновенная летяга встречается в лесах заповедника повсеместно, но всюду малочисленна. На территории заповедника обитают две формы обыкновенной белки — центральноевропейская и печорская. Повсеместно доминирует центрально-европейская форма (примерное соотношение 10:1). Относится к массовым видам и имеет наиболее короткий цикл динамики численности. В годы пика численности плотность популяции достигает 300 особей на 1000 га еловых лесов, при депрессии — не более 30. Стациями переживания являются угодья с зарослями лещины, где скопление белок отмечается даже при депрессии численности популяции. Главный корм белок — семена ели, замещающий — орехи лещины, грибы. При дефиците основного корма в течение всей зимы белка в основном питается преимущественно почками ели, В выводке бывает от 3 до 9 детенышей. Пик численности обычно наступает на следующий год после обильного или даже после среднего урожая семян ели.
Речной бобр реакклиматизирован в заповеднике в 1936 г. Он хорошо прижился и постепенно заселил все речки заповедника и охранной зоны. В настоящее время здесь обитает более 350 бобров, причем в охранной зоне значительно больше в связи с более благоприятным гидрологическим режимом, рельефом берегов и кормовой базой. Большая часть бобров живет в береговых норах, меньшая — в хатках.
Мышевидных грызунов 12 видов. Фоновый вид, европейская рыжая полевка, самый многочисленный, плотность ее населения во всех типах еловых лесов обычно значительно выше, чем общая всех остальных видов мышевидных грызунов (от 0,8 до 15,7 экз. на 100 ловушко-суток). В благоприятных условиях рыжая полевка составляет в бореальных ельниках около 90%, а в неморальных — даже до 97% общего числа мышевидных грызунов. Период размножения рыжих полевок длится 4,0—4,5 месяца. Эмбриональная смертность невелика (0,3—2,3%). Чаще всего перезимовавшие самки приносят два помета в год, реже — три. Из сеголеток в размножении участвуют лишь молодые зверьки весенних и раннелетних пометов.
Серые полевки (полевка-экономка и обыкновенная), красная полевка, лесной лемминг, лесная мышовка и все виды мышей (лесная, желтогорлая, полевая и мышь-малютка) в еловых лесах заповедника обычно малочисленны.
За 50 лет существования заповедника необычно высокий подъем численности серых полевок и лесных леммингов отмечался в 1977—1979 гг., когда они составляли до 30% общей численности мышевидных грызунов, а лесной лемминг — до 8,7%.
Лесной лемминг впервые отмечен здесь в 1948 г. В последние годы, вплоть до периода подъема его численности в 1977—1979 гг., составлял среди мышевидных грызунов не более 0,5%. Затем численность увеличилась, но не за счет мигрантов, а за счет повышения интенсивности размножения местной популяции в связи с резким улучшением кормовых условий. Распределение лесного лемминга по биотопам связано с обилием ожики волосистой.
Для динамики численности мышевидных грызунов характерны трехлетние циклы. Плотность их популяций всегда выше в сложном, приручьевом и кисличном ельниках, а также на участках сплошных вывалов, где их много даже в годы депрессии. Депрессивному состоянию популяций способствуют малоснежная и морозная зима, затяжная холодная осень и дождливое лето.
На территории заповедника постоянно обитают 12 видов хищных млекопитающих. Фоновые виды — лесная куница, европейская норка, ласка, бурый медведь, рысь.
Лесная куница хорошо приспособлена к обитанию в южнотаежных лесах. В заповеднике многочисленна (около 5 особей на 1000 га), колебания численности выражены очень слабо. Для лесной куницы в коренных еловых лесах заповедника очень благоприятны обширные участки, занятые нагромождениями ветровальных деревьев, служащих ей убежищами и излюбленными местами охоты. При неблагоприятных погодных условиях и дефиците основного корма роль сплошных завалов особенно велика, так как здесь постоянно концентрируются мышевидные грызуны. Кроме мышевидных грызунов куница использует много других второстепенных и случайных кормов, потребление которых зависит от сезона и обилия основного корма. Это ягоды черники, малины и рябины, мед диких пчел, насекомые, мелкие воробьиные и тетеревиные птицы, землеройки, белка, заяц-беляк. Роль белки в рационе куницы возрастает только при сравнительно высокой ее численности, зайца-беляка — зимой, ягод рябины — осенью и зимой после обильного их урожая, насекомых и воробьиных птиц — весной и летом, землероек — во все сезоны при дефиците основного корма. Участок обитания куницы обычно не более 200 га, протяженность суточного следа на поверхности снега зависит от погодных условий и обилия корма. Она возрастает от начала к концу зимы и составляет при различных условиях от 50—200 м до 12 км. Большинство молодых зверьков ежегодно переселяется в прилегающие к заповеднику угодья. Самый маленький хищник — ласка — встречается практически во всех типах лесных угодий, повсюду многочисленна. Основной способ охоты — отыскивание мышевидных грызунов в их норах, по которым она свободно перемещается. Численность ласки определяется обилием или дефицитом мышей и полевок, имеет циклический характер. Ласок становится мало через 5—7 месяцев после резкого сокращения численности мышевидных грызунов.
Минимальная плотность популяции составляет 10-20, а максимальная — 70-120 зверьков на 1000 га. Зимой значительную часть суточного хода составляют подснежные перемещения. След на поверхности снега при разных условиях тянется от нескольких до 600 м. Во время гона он увеличивается до 1,5—2,0 км.
Горностай в еловых лесах малочислен, единично обитает на лесных полянах, в долинах ручьев и речек. Однако в окрестностях заповедника, на зарастающих лесосеках, пересеченных ручьями и канавами, плотность его достигает 20 и более особей на 1000 га.
Черный хорек в еловых лесах практически отсутствует, но в охранной зоне он обычен вблизи населенных пунктов, на зарастающих лесосеках и других вторичных угодьях. Осенью и зимой хори концентрируются в населенных пунктах.
В настоящее время в районе заповедника обитает значительная по численности и занимаемой территории популяция европейской норки, и пока не зарегистрировано вселение американской норки. В заповеднике и охранной зоне европейская норка повсеместно обычна и многочисленна. Численность ее наиболее высокой была в 1965—1972 гг. (1 особь на 1 км русла водотоков), в 80-е годы она уменьшилась вдвое из-за интенсивного промысла в окрестностях заповедника. Запрет охоты на норку в охранной зоне способствовал восстановлению прежнего уровня ее численности. В настоящее время в районе заповедника она отнесена к особо охраняемым видам.
Речная выдра как в заповеднике, так и в охранной зоне встречается на всех водоемах, пригодных для ее обитания. В заповеднике постоянно обитает 7—8, а в охранной зоне, где обеспеченность рыбой значительно лучше, — до 10 особей.
Распространение барсука непосредственно связано с почвенно-грунтовыми условиями. Немногочисленные барсучьи колонии в заповеднике приурочены к всхолмленным участкам и дренированным склонам с супесчаной почвой. В охранной зоне барсучьи поселения известны в старых землянках и земляных валах, образованных после раскорчевки леса. В поисках пищи барсук широко перемещается, поэтому его следы встречаются на всей территории. В питании барсука большое значение имеют насекомые, лягушки и мышевидные грызуны. Осенью охотно поедает ягоды черники, брусники, рябины, а также овес.
Енотовидная собака появилась в заповеднике в конце 30-х годов в результате расселения ее из мест выпуска в период акклиматизации. В настоящее время она распространена повсеместно, но чаще встречается в охранной зоне в поймах рек и на разновозрастных вырубках. Выводковые норы устраивает в старых барсучьих поселениях или в лесной чаще под старыми поленницами дров, под кучами валежника. Залегает в спячку в середине ноября. Зимующих енотовидных собак нередко находили в стогах сена. Выходит из убежищ в середине марта, и вскоре начинается гон. Енотовидная собака — всеядный зверь, питается растительной и животной пищей. Основным врагом является волк.
Лисица обитает только на периферийных участках заповедника, а в глубь лесного массива заходит только весной, после образования наста. Норы устраивает в старых барсучьих отнорках и на раскорчевках по краям полей. Питается преимущественно мышевидными грызунами и птицами. У выводковых нор встречаются также остатки кротов, тетеревов, вальдшнепов, коростелей и других птиц. Отдельные особи специализируются на добыче домашних птиц — кур, уток, гусей.
В 30-е годы волки редко заходили на территорию заповедника, и их посещения носили случайный характер. В 1946 г. в пределах заповедника отмечено 19 встреч волчьих следов. В 1950 г. в окрестностях охраняемой территории уже насчитывали 5 волчьих семей. В результате усиления борьбы с волком его численность была значительно сокращена. На территории заповедника и охранной зоны в последние годы обитает 12—18 волков. В их «меню» преобладают копытные — лось и кабан. По данным В. В. Кочеткова, из всех погибших по разным причинам лосей на зарезанных волком приходится 79%. Жертвами волка чаще всего становятся лосята или особи старше 8 лет. Домашние животные в питании хищника не имеют существенного значения. В целях регулирования численности в охранной зоне и в соседних угодьях добывается от 4 до 10 волков.
Бурый медведь наиболее многочислен среди крупных хищников заповедника. Всего на территории заповедника и охранной зоны насчитывается до 70 медведей. Этот хищник предпочитает глухие еловые леса, но постоянно встречается и на вырубках. Основу питания составляют растительные корма: зонтичные, злаки, плоды черники, смородины, малины, брусники и клюквы. Основной нажировочный корм — овес, а в урожайные годы и плоды рябины. Вес отдельных медведей достигает 300— 350 кг.
В конце ноября залегают в берлоги, которые устраивают в буреломных участках леса и даже на вырубках среди елового подроста. Иногда они зимуют в стогах соломы. За все время существования заповедника здесь ни разу не отмечали шатунов. Медвежата появляются на свет в январе — феврале, реже — в декабре. В помете чаще бывает три медвежонка. Вес новорожденных не превышает 500 г. В момент выхода из берлоги медвежата весят 2,5—3,5 кг, а к осени вес их достигает 40 кг.
Звери выходят из берлог в конце марта. Ранней весной по снегу медведи преследуют лосей и кабанов. Питание мясом способствует успешному переживанию затяжной весны. В заповеднике в течение многих лет проводятся исследования по изучению экологии и поведения бурого медведя.
В фауне заповедника рысь — наиболее ценный и бережно охраняемый зверь. По данным А.С. Желтухина, в последние десятилетия ее численность снизилась от 11—12 в 1931—1950 гг. до 4—6 в 1960—1980 гг. Это сокращение объясняется существенным изменением состава лесонасаждений на примыкающих к заповеднику территориях вследствие рубок леса. Наиболее благоприятны для обитания рыси спелые, приспевающие и перестойные леса. Основным кормом является заяц-беляк. В бесснежный период в рационе возрастает доля птиц и мышевидных грызунов. За снежный период на площади 100 км2 рысь способна изъять 10—23% поголовья зайца-беляка, т. е. рысь не может существенно влиять на динамику численности своей основной жертвы.
Рысь наиболее активна в ночные часы. Дневная активность свойственна ей в период гона и в годы низкой численности зайца. Длина суточного хода составляет от 0,3 до 28 км, в среднем — 10,1 км. Участки обитания рысей достигают площади 250 км2. При перемещениях хищники выходят далеко за пределы заповедника. Рысь не боится близкого соседства человека. Ее можно встретить на дорогах, у лесных избушек и даже вблизи населенных пунктов. Гон рысей происходит в феврале — марте, реже — в январе. Потомство появляется в конце апреля или в мае. В выводке бывает чаще два рысенка. В июле — августе в поисках пищи семья рысей много перемещается. Добыча рыси в охранной зоне полностью запрещена. На всей охраняемой территории в настоящее время постоянно обитает 16—20 особей.
Лось обычен в заповеднике. К началу организации заповедника он был редок, а к середине 60-х годов его численность была уже максимальной — около 100 особей. С конца 70-х годов численность лосей стала падать, и к настоящему времени здесь обитает около 30 зверей. В охранной зоне численность лося более чем вдвое выше. Зимой лоси концентрируются по поймам рек Жукопы, Тюдьмы и Квашенки, а в охранной зоне — в лиственных молодняках и на зарастающих лугах. Питаются побегами ив, рябины, березы, ветками и корой осин. Колебания численности лося по годам значительны и вызваны в основном хищнической деятельностью волка.
Следы жизнедеятельности кабана постоянно регистрируются с 1960 г. Пик численности пришелся на середину 70-х годов (в заповеднике — 1, в охранной зоне — около 5 особей на 1000 га). В 1980 г. в результате суровой зимы и хищничества волка численность резко сократилась (в заповедник заходили редкие одиночки). В 80-е годы численность кабана стала возрастать, и в настоящее время в охранной зоне обитает 8—10 семей. Заходы стад на территорию заповедника стали обычными, особенно в северных и юго-западных кварталах.
Косуля — самый редкий представитель копытных заповедника. Следы ее жизнедеятельности встречаются ежегодно, но преимущественно в бесснежный период. В южных и юго-восточных районах охранной зоны встречается регулярно. В 1979 г. в заповеднике было обнаружено зимнее стойбище 4—5 косуль в долине Тюдьмы. В 1982 г. отмечены случаи преследования косули волком. Очевидно, постоянному обитанию ее в районе заповедника препятствуют многоснежные зимы и хищничество волка и рыси.
В заповеднике обитает 195 видов птиц, из которых 137 видов гнездятся, 4 вида гнездятся предположительно (болотная сова, погоныш, московка, садовая овсянка);. 18 видов, регулярно гнездящихся в Калининской области, посещают территорию заповедника во время кочевок или пролета (большой подорлик, чернозобая гагара, большая поганка, большая выпь, серая цапля, черный коршун, орлан-белохвост, болотный лунь, пастушок, камышница, лысуха, малый зуек, камышевая овсянка, черная и речная крачки); только на пролете встречаются 27 видов; 5 видов прилетают на зиму. В зимнее время отмечаются 63 вида, из них 38 ежегодно, а остальные нерегулярно.
Орнитофауна заповедника смешанного происхождения, и эндемичных видов в ней нет. Доминируют представители европейского типа фауны (42% видов) и широко распространенные виды (31%), относительно много видов фауны сибирского происхождения (18%); представители арктического, средиземноморского, китайского и монгольского типов фауны составляют 9%. Среди гнездящихся птиц преобладает экологическая группа обитателей леса — 56 видов, опушечных птиц — 38, птиц открытых пространств — 11, синантропов — 10 видов.
Первое знакомство с лесами заповедника оставляет впечатление бедности орнитофауны. Действительно, в ельниках, занимающих большие площади, более 60% населения составляют всего 4 вида — зяблик, пеночка-трещотка, крапивник и зарянка. Всего здесь отмечено 42 вида, из которых 40 гнездящихся, плотность населения в гнездовой период составляет 320—690 особей на 1 км2. Особенно бедны бореальные ельники — сфагновые, зеленомошники, черничники, где гнездятся только 35 видов и плотность населения не превышает 410 особей на 1 км2. По числу гнездящихся видов и плотности населения птиц (61 вид, 600—940 особей на 1 км2) самые богатые леса — смешанные, елово-мелколиственные. Здесь, как и в ельниках, доминируют те же 4 вида, но кроме них многочисленны пеночка-весничка, пеночка-теньковка, желтоголовый королек и буроголовая гаичка. Особенно разнообразно птичье население вблизи границ с открытыми пространствами. Большинство хищных птиц, охотящихся на открытых пространствах, гнездится и смешанных лесах. Гнезда, как правило, устраивают в развилках стволов огромных осин.
На территории заповедника и охранной зоны находятся шесть массивов верховых болот, с которыми связан особый орнитокомплекс, включающий 95 видов птиц, из которых 57 видов гнездятся на болотах, а остальные используют их как кормовой биотоп; плотность населения составляет 160—210 особей на 1 км2, доминируют лесной конек, луговой чекан, желтая трясогузка. Грядово-мочажинно-озерного комплекса придерживаются водоплавающие и околоводные птицы (кряква, чирок-трескунок, чирок-свистунок, шилохвость, сизая чайка). Открытые участки болот используют для гнездования луговые виды (обыкновенный бекас, чибис, большой кроншнеп, большой веретенник, полевой жаворонок, луговой конек). По границам открытых участков и разреженных угнетенных сосняков гнездятся северные кулики: фифи, большой улит, золотистая ржанка, средний кроншнеп. Последний, как правило, гнездится группами по 3—5 пар. В одной из этих групп на «Демеховом мху» не менее 15 пар. Только по верховым болотам гнездятся белая куропатка, серый журавль, серый сорокопут. Как охотничьи угодья используют болота беркут, большой подорлик, сапсан, дербник, чеглок, кобчик. Гнезда хищники устраивают в лесных «островах» или по границе леса. Там же в дуплах крупных осин гнездятся гоголи, которые ведут вылупившихся птенцов за 1,5—2 км к ближайшим водоемам.
Беркут, занесенный в Красную книгу России, в 40-е годы гнездился за пределами заповедника (Кончиц, 1939). В 60-е годы пара птиц выстроила гнездо на высокой осине на краю лесного «острова» посреди болота. Там они гнездились до 1981 г. На следующий год обломились поддерживавшие огромное гнездо сучья, и оно рухнуло (в 1984 г. беркуты построили неподалеку новое). В упавшем гнезде было обнаружено много костей животных, добытых беркутами. Выяснилось, что основу их питания составляют заяц-беляк, глухарь и серый журавль.
Уникальный набор видов делает верховые болота первостепенным объектом охраны и мониторинга. По окраинам верховых болот расположены сфагновые сосняки, они же занимают заболоченные понижения на водоразделе. Здесь встречаются 52 вида птиц, из которых 43 гнездятся. Плотность населения составляет более 300 особей на 1 км2, доминируют лесной конек, серая мухоловка, зяблик, пеночка-весничка, буроголовая гаичка, хохлатая синица. Для сосняков характерны дрозд-деряба, овсянка-ремез, обыкновенный козодой. В сосняках или поблизости от них расположено большинство глухариных токов. Всего их известно 37 на территории заповедника и около 30 в охранной зоне. В заповеднике глухарь является объектом специальной охраны и изучения. На глухариных токах каждую весну проводятся учеты токующих самцов. На большинстве токов собирается 3—7 петухов, но немало токов и по 13—20 глухарей, а на самых крупных — до 25. Данные учетов показывают, что весной численность глухарей стабильна, осенью колеблется в зависимости от успеха размножения в прошедшем сезоне. Плотность населения глухарей в августе — сентябре составляет 1,5—3,6, а в оптимальных условиях — до 6,8 особи на 1 км2. По данным П.Б. Юргенсона (1937, 1953), на том же уровне она была и в 30— 40-е годы. В охранной зоне на глухариных токах созданы защитные участки, где рубки леса запрещены.
Водораздельное положение определяет важную особенность заповедника — малочисленность водоемов. Вследствие этого гнездящихся водных и околоводных птиц мало — всего 11 видов, и их численность очень низка. По этой же причине ограничен видовой состав и численность мигрантов этих групп.
За последние 40 лет видовой состав и численность птиц заповедника изменились. Отодвинулась к северу граница ареала кукши, и после 30-х годов кукша не только не гнездилась, но даже и не встречалась. Напротив, с северо-востока и северо-запада вселились золотистая ржанка, фифи, большой улит, средний кроншнеп, овсянка-ремез. Больше не гнездятся в заповеднике белый аист, кобчик, сапсан, серая куропатка, сизоворонка. Нет достоверных данных о гнездовании в последние годы бородатой неясыти, седого и зеленого дятлов, серого сорокопута, дубоноса. Зато стали гнездиться шилохвость, чирок-трескунок, красноголовый нырок, гоголь, луговой лунь, большой веретенник, сизая чайка. Сократилась численность перепела, белой куропатки, тетерева, увеличилась же только — большого кроншнепа.
Кроме беркута из птиц, занесенных в Красную книгу России, в заповеднике, в верховьях р. Межи, гнездится черный аист. Во время миграций и кочевок встречаются, но не гнездятся скопа, орлан-белохвост, змееяд и сапсан. Из редких видов заслуживают внимания как объекты изучения и охраны белый аист, полевой лунь, бородатая неясыть, серый сорокопут, белая куропатка (5—10 пар), золотистая ржанка (15—25 пар), гоголь (15 пар), луговой лунь (8—12 пар), дербник (5—6 пар), чеглок (3—4 пары), фифи (до 15 пар), средний кроншнеп (более 40 пар), большой веретенник (3—7 пар), серый журавль (около 20 пар), осоед (до 6 пар), филин (5—6 пар), воробьиный и мохноногий сычи.
Территория заповедника может служить эталоном фауны и структуры населения птиц мало нарушенных хозяйственной деятельностью коренных ельников, смешанных лесов и верховых болот подзоны южной тайги.
Из рептилий в заповеднике наиболее многочисленна живородящая ящерица. Она обитает во всех типах леса и на верховых болотах.
Обыкновенная гадюка в еловых лесах заповедника малочисленна, но в охранной зоне часто встречается в поймах рек и лиственных молодняках, примыкающих к сфагновым болотам. Зимует на верховых болотах и в сфагновых ельниках. В сентябре на местах зимовок, в больших скоплениях на площади 100—200 м2 можно насчитать до 20 гадюк. Веретеница, прыткая ящерица и обыкновенный уж встречаются только в охранной зоне, но всюду малочисленны.
В заповеднике обитает шесть видов амфибий. Из хвостатых — только обыкновенный тритон. Его основные местообитания — лиственные леса и приручьевые ельники. Всюду малочислен. Из мест зимовок тритоны выходят в начале мая, размножаются в водоемах во второй и третьей декадах мая.
Серая жаба многочисленна и широко распространена по всему заповеднику. Больше всего жаб в поймах рек и ручьев (до 140 экз. на 1 га). В середине мая в хорошо прогреваемые водоемы откладывает икру. Зеленая жаба — самая редкая из земноводных, встречаются лишь единичные экземпляры в период размножения.
Самый обычный и многочисленный вид амфибий — травяная лягушка. Ее можно встретить во всех биотопах. Раньше других земноводных выходит из мест зимовок, массовое размножение происходит в конце апреля — начале мая. В питании преобладают насекомые (43%), дождевые черви (20%), моллюски (19%) и пауки (14%).
Остромордая лягушка на территории заповедника малочисленна, встречается преимущественно в лиственных лесах и по закрайкам моховых болот. На лесных полянах достигает численности 15 особей на 1 га. Размножается почти одновременно с травяной лягушкой — в начале мая. Питается преимущественно насекомыми (61%) и пауками (33%).
Распространение прудовой лягушки ограничено отсутствием хорошо прогреваемых стоячих водоемов. Поэтому она встречается в основном в отдельных прудах. Размножается позже других амфибий — в конце мая. Основу питания прудовой лягушки составляют насекомые (72%) и пауки (16%), иногда они добывают тритонов, сеголеток травяной и остромордой лягушек.
Энтомофауна еловых лесов заповедника разнообразна. Только стволовых вредителей ели около 700 видов, из которых более 600 видов насекомых. Они заселяют ослабленные, усыхающие деревья, ветровал и бурелом на опушках старых лесосек и на участках естественного вывала ели. Большинство вредителей относятся к семействам короедов (36 видов) и усачей (свыше 40 видов). В заповеднике разнообразны бабочки (более 250 видов), из которых наиболее обычны траурница, павлиний глаз, различные виды шашечниц, перламутровок, желтушек, голубянок. Повсеместно встречаются пяденицы, совки, моли-пестрянки, стрельчатки, листовертки. Богата и фауна хищных насекомых: блестянки, карапузики, плоскотелки. Многочисленны насекомые-паразиты (наездники, мухи-тахины), в какой-то мере сдерживающие рост численности усачей, короедов и других вредителей. В заповеднике зарегистрировано 16 видов муравьев, 113 видов клопов, 23 вида слепней, 23 вида шмелей и другие насекомые.
На территории заповедника и в его окрестностях выявлено 162 вида пауков из 17 семейств и 70 родов. Наиболее разнообразны семейства: Linyphiidae — 33 вида, Areneidae— 20 видов.
Больше всего пауков в неморальных ельниках — 68 видов. В подстилочном слое на 1 м2 встречается от 10 до 40 особей. В зеленомошных ельниках отмечено 44 вида пауков, в сфагново-черничном — 42. В сфагновых сосняках и на верховых болотах фауна бедна и представлена 13 видами. Вырубки в течение первых 5 лет заселяются обитателями нелесных стаций, а в процессе зарастания постепенно восстанавливается видовой состав пауков коренного типа леса.
В лесах заповедника и на прилегающей территории охранной зоны, включая преобразованные хозяйственной деятельностью экосистемы, отмечено около 200 видов почвенной мезофауны, как постоянных обитателей почвы и подстилки (многоножки, черви, некоторые жуки), так и форм, связанных с почвой только на личиночной стадии (двукрылые, жуки).
Довольно много видов, характерных для смешанных и широколиственных европейских лесов, однако они обитают только в неморальных ельниках, а в населении почвы других типов ельников преобладают широко распространенные виды таежной зоны, связанные экологически с подзолистыми и подзолисто-болотными почвами. В почвенной мезофауне еловых лесов есть несколько эврибионтных и связанных с окультуренными экосистемами видов. В мезофауне преобладают виды с широкими ареалами — голарктические, палеарктические и евросибирские, меньше европейских видов, за исключением фауны диплопод, в целом состоящей из восточноевропейских лесных видов. Изредка встречаются западноевропейские виды.
В почвах еловых лесов преобладают личинки двукрылых, личинки и имаго (взрослые формы) жуков. Эти группы наиболее разнообразны и численно доминируют во всех типах ельников, от неморальных до осоково-сфагновых. Общая численность мезофауны в почвах еловых лесов в разные сезоны и годы изменяется в 2—3 раза. В умеренные по влажности и температурным условиям гбды ее численность возрастает от сравнительно сухих почв неморальных ельников к избыточно увлажненным осоково-сфагновым, а общая масса и разнообразие, наоборот, снижаются. Так, число видов многоножек-диплопод, моллюсков и дождевых червей заметно снижается уже в ельниках зеленомошных.
По характеру питания среди беспозвоночных преобладают хищные микрофитофаги (потребители микроскопических грибов, водорослей) и детритофаги. Беспозвоночные, активно перерабатывающие опад растений (фитосапрофаги) предпочитают среду неморальных ельников, где они наиболее многочисленны и разнообразны. В бореальных ельниках основная масса растительных остатков труднодоступна для фитосапрофагов, и в этих лесах преобладают микрофитофаги и хищные формы.
© Волков В.А., Литкенс В.С., Шапошников Е.С. Центрально-Лесной заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 184-206