Заповедник расположен в юго-западной части Валдайской возвышенности в пределах Главного водораздела Русской равнины.
Территория заповедника расположена на стыке западноевропейского и восточноевропейского районов континентальной области умеренного климата. В этой зоне преобладают воздушные потоки атлантического происхождения, но часты вторжения с севера холодных масс арктического воздуха. Средняя многолетняя температура 3,6°, абсолютный максимум 38°, абсолютный минимум —48°.
За год выпадает в среднем 700 мм осадков, причем большая часть — в теплый период года. Общее количество осадков значительно превышает суммарное испарение, что обусловливает положительный баланс влаги.
Преобладают ветры южных направлений. Средняя многолетняя скорость ветра составляет 3,2 м/с. Преобладают дни с переменной и сплошной облачностью. Число часов солнечного сияния в среднем 1200 в год, или 45% общего числа возможных часов открытого солнца для данной широты.
Безморозный период в заповеднике длится в среднем 114 дней, в разные годы — от 92 до 126 дней. Устойчивый снежный покров образуется в начале третьей декады ноября, а разрушается в начале второй декады апреля. В среднем в году бывает более 130 дней со снежным покровом. Высота снежного покрова максимальна в конце февраля.
В первой половине апреля среднесуточная температура воздуха устойчиво переходит через 0°. Во второй декаде апреля поля освобождаются от снега, однако безморозный период наступает в конце мая. В апреле — мае относительная влажность воздуха минимальна.
Летом погода относительно устойчива, хотя иногда даже в конце мая — начале июня могут быть заморозки. За лето выпадает значительное количество осадков, главным образом в виде ливней с грозами. Средняя месячная температура самого теплого месяца (июля) 16°.
Осенью температура падает более плавно, чем нарастает весной. Ночные заморозки обычны в сентябре, но иногда бывают и в конце августа.
Зима начинается в конце ноября и характеризуется умеренными морозами. Средняя температура самого холодного месяца (января) около —10°.
Район заповедника представляет собой слабовсхолмленную водораздельную равнину, почти нерасчлененную и заболоченную, с небольшим наклоном к северо-западу. Абсолютные отметки равнины колеблются от 220 до 270 м.
Коренные породы — серпуховские известняки — слагают западную окраину карбонового плато. Они перекрыты мощными (до 20—25 м) четвертичными отложениями. В местах приповерхностного залегания известняков развиты карстовые формы рельефа (воронки на болоте «Катин мох»).
Четвертичные отложения территории заповедника — это сложное сочетание ледниковых, межледниковых и послеледниковых пород различного генезиса и состава. Ледниковые отложения, залегающие на глубине от 0,3 до 2,0 м, состоят как из карбонатных, так и бескарбонатных валунных пород, обычно средне- и тяжелосуглинистых, а также песчано-супесчаных образований. Все крупные понижения заполнены иловато-глинистыми межледниковыми и голоценовыми озерно-болотными отложениями мощностью до 7 м. Морена перекрыта покровными пылеватыми светло-бурыми легкими суглинками, реже — песками, супесями и слоистыми песчано-глинистыми образованиями, иногда с прослойками погребенных торфяников. Широкое распространение на плоской водораздельной равнине покровных суглинков со слабой водопроницаемостью способствует избыточному увлажнению почв и развитию поверхностного заболачивания.
В болотах и на равнинных участках берут начало многочисленные ручьи, и речки, относящиеся к бассейну Волги (Тудовка, Жукопа, Тюдьма) и Западной Двины (Межа). Гидросеть плохо разработана: долины узкие, неглубокие, V-образные. Вдоль речных долин кое-где встречаются пологие песчаные гряды — древние озы.
Почвенно-грунтовые воды залегают близко к поверхности и даже в сухие годы не опускаются глубже 3,0—3,5 м. Однако уровень их сильно колеблется в зависимости от метеоусловий и характера рельефа. Вследствие многочленности четвертичного покрова возможны два или даже более изолированных горизонта грунтовых вод. Верховодка удерживается покровным суглинком, но еще чаще — торфянистым горизонтом, а собственно почвенно-грунтовые воды наблюдаются на разных горизонтах морены.
Химический состав почвенно-грунтовых вод различен в зависимости от особенностей разложения и минерализации органического вещества, характера водного питания (атмосферное, внутрипочвенный сток и т. д.).
На гидрологический режим территории заповедника существенно влияют верховые болота, особенно наиболее крупные — «Катин мох» и «Старосельский мох». Заболачивание лесов в связи с разрастанием современных торфяников не прекращается, однако болота наступают на прилегающие участки леса очень медленно. Там, где нет резкого подъема почвенно-грунтовых вод, лес может очень долго противостоять заболачиванию и даже сам надвигается на болото по более повышенным дренированным местам.
По схеме почвенно-географического районирования России заповедник относится к Среднерусской провинции дерново-подзолистых среднегумусированных почв южнотаежной подзоны Центральной таежно-лесной области подзолистых почв. Однако зональные дерново-подзолистые почвы распространены здесь локально, лишь на хорошо дренированных склонах, а преобладают собственно подзолистые, подзолисто-болотные и болотные.
В заповеднике сохранилось естественное разнообразие почв подзоны южной тайги. Наиболее дренированные песчаные массивы, округлые вершины холмов и относительно крутые склоны с близким залеганием карбонатных моренных суглинков заняты сложными ельниками с примесью широколиственных пород и муллевыми и модер-муллевыми дерново-палевоподзолистыми почвами. Наиболее богатые почвы формируются в нижних частях хорошо дренированных склонов за счет дополнительного притока питательных веществ с более высоких элементов рельефа.
На наименее дренированных плоских водоразделах и в нижних частях пологих слабодренированных склонов, переходящих в окраины верховых болот, на кислых суглинистых породах под сфагново-черничными и черничными ельниками образуются оторфованные подзолистые и торфяно-подзолистые поверхностно- и грунтово-оглеенные почвы. На пониженных участках водоразделов под ельниками хвощово-сфагновыми развиты торфяно-(торфянисто-) глеевые почвы, а в крупных понижениях со сфагновыми, осоково-пушицево-сфагновыми ельниками и сосняками — болотные почвы.
На пологих слабодренированных склонах встречаются грубогумусные палево- и собственно подзолистые почвы с многообразными поверхностно-осветленными, поверхностно-иллювиально-гумусово-железистыми, контактно-глеевыми и ортштейновыми горизонтами.
В прирусловых частях долин ручьев и речек с хорошо выраженными водотоками и на дренированных склонах долин под ельниками страусниковыми образуются дерново-глеевые, а в ложбинах стока со слабо выраженными водотоками под ельниками и черноольшаниками папоротниково-таволговыми — перегнойно-подзолисто-глеевые и перегнойно-глеевые почвы.
В целом почвенный покров заповедника может служить эталоном слабонарушенных территорий подзоны южной тайги.
© Волков В.А., Литкенс В.С., Шапошников Е.С. Центрально-Лесной заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 184-206