Уже в 1936 г. было начато исследование флоры, фауны и других компонентов природного комплекса заповедника, ведение «Летописи природы». Составление ежегодных книг «Летописи природы» — первостепенная задача всех заповедников, в том числе и Хоперского. Содержащиеся в «Летописи» сведения с каждым годом приобретают все большую научную значимость, позволяя определить тенденции изменений в природных комплексах. Наряду с выполнением этой фронтальной темы в Хоперском заповеднике проводились и проводятся исследования по другим темам прикладного характера.
Первыми научными сотрудниками Хоперского заповедника были супруги Красовские. Ботаник С. А. Красовская собрала научный гербарий и составила первый список высших растений Хоперского заповедника, опубликованный в 1940 г. Зоолог В. П. Красовский изучал биологию и экологию выхухоли. Многие ранее неизвестные науке черты поведения выхухоли и ее биологические особенности стали известны благодаря исследованиям В. П. Красовского. Первую инвентаризацию фауны позвоночных заповедника провел И. П. Измайлов. В 1940 г. был издан первый выпуск научных трудов Хоперского заповедника. В военные годы научные работы в заповеднике продолжались: В. Д. Александровой была описана растительность заповедника, Л. Е. Аренсом дана хозяйственно-экономическая характеристика растений заповедника, Н. К. Бушина занималась изучением растительности пойменных водоемов, гидробиолог К. И. Шурыгина — гидрологического режима и гидробионтов выхухолевых водоемов. Повторная инвентаризация флоры заповедника, проведенная в 1946—1948 гг. С. И. Машкиным, существенно расширила список растений. С начала 50-х годов биологию бобров хоперской популяции изучал Ю. В. Дьяков.
Штат научного отдела заповедника до 70-х годов был невелик (3—4 человека). Многие научные работы, выполненные сотрудниками заповедника, не опубликованы, но от этого не утратили своей ценности. В определенные периоды от заповедников требовали не столько научной работы, сколько рекомендаций по рациональному использованию запасов охотничье-промысловых животных, их учету, ведению лесного и рыбного хозяйства.
В начале 60-х годов, когда Хоперский заповедник стал филиалом Воронежского, научные исследования в нем сократились. В эти годы Т. Б. Протоклитовой выполнено картирование и описание лесной растительности, а сотрудниками Московского лесотехнического института изучалось санитарное состояние лесов заповедника.
С восстановлением в 1966 г. автономности Хоперского заповедника научные исследования были сосредоточены на биологии и экологии пятнистого оленя хоперской популяции. П. Ф. Казневский плодотворно разрабатывал эту тему до конца 1979 г. Зоолог Н. Н. Кузнецова с 1968 г. исследовала состояние кормовой базы диких копытных животных, а в 1971 —1979 гг. — условия содержания выхухоли в неволе. Сейчас в вольере 20 выхухолей, которые прижились, но еще не размножаются.
В 70-е годы расширены исследования не только по зоологии, но и по лесоведению и геоботанике, а с начала 80-х годов — комплексное изучение условий обитания выхухоли, динамики растительных сообществ лугов, причин усыхания дубовых лесов и роли диких копытных в биоценозах заповедника.
Многолетнюю творческую связь Хоперский заповедник поддерживает с Воронежским лесотехническим институтом и университетом, а также с Ботаническим и Зоологическим институтами, Институтом эволюционной морфологии и экологии животных АН СССР, Центральным институтом лесной генетики и селекции, Московским лесотехническим институтом.
Заповедником издано 8 сборников научных трудов, а общее число научных работ, выполненных на его базе, превышает 350.
В заповеднике проходят практику студенты институтов Воронежской области и других вузов, оказывая заповеднику помощь в исследованиях, особенно в проведении учетов численности животных. Ежегодно сюда приезжают на практику 25—30 человек.
Музей природы на центральной усадьбе заповедника в с. Варварино каждый год посещает 2,5 — 3 тыс. экскурсантов. Научные сотрудники заповедника часто выезжают с лекциями и докладами на природоохранные темы в смежные районы.
Заповедник обязан проводить на своей территории необходимые лесохозяйственные и противопожарные мероприятия. Объем всех видов рубок не превышает 3 тыс. м3 в год, включая очистку леса от захламленности. Валеж и бурелом убираются в основном на внешней границе заповедника и вдоль дорог для обеспечения прежде всего пожарной безопасности. Для ухода за лесом в сосновых молодняках искусственного происхождения проводятся минимальные рубки. Другие лесохозяйственные работы заключаются в расчистке квартальных просек, замене квартальных столбов, установке аншлагов и шлагбаумов. Ежегодно двукратно опахиваются противопожарные полосы протяженностью более 90 км, ремонтируются дороги противопожарного назначения, устанавливаются пожарные щиты, оборудуются места отдыха.
Биотехнические мероприятия в заповеднике не проводят с 1973 г. В 1979 г. в охранной зоне заповедника создано подчиненное ему экспериментальное охотничье хозяйство «Хоперское», где проводится подкормка копытных, посев кормовых культур и другие биотехнические мероприятия с целью отвлечения избыточных диких копытных с территории заповедника. В охранной зоне проводится регулирование численности диких копытных путем отстрела. Здесь оборудованы специальные подкормочные площадки с вышками, стрелковые линии для загонных охот.
Территория заповедника разделена на 191 квартал, нумерация которых не меняется, чтобы сохранить преемственность наблюдений. Кварталы распределены по 18 охранным обходам площадью в среднем около 900 га, на которых работают 18 лесников. До 1980 г. в заповеднике было два лесничества: Северное площадью 8946 га с центром в с. Октябрьское и Южное площадью 7232 га с центром в пос. Калиново. В каждом лесничестве было по 9 обходов.
Территория заповедника до 70-х годов охранялась системой кордонов по его границе, где постоянно проживали работники лесной охраны. По северной и восточной границам заповедника — кордоны Синичка, Клочковский, Бережина, Дубовая хата, Кутиха, Серебрянка, Замельничный, по западной и южной — Липяг, Васильевский, Шпиль, Подосиянь, Алферовский, Калиновский, Русановский, Городской. Лесники регулярно обходили свои участки для пресечения самовольных рубок, браконьерства, а также проводили наблюдения. Вдоль внешней границы была прорыта глубокая канава, препятствовавшая проезду в заповедник.
Однако с появлением у населения современных транспортных средств (автомашин, мотоциклов, моторных лодок) пеший и даже конный лесник оказался беспомощным перед моторизованными нарушителями заповедного режима. Поэтому заповедник стал вводить патрульно-групповой метод охраны — выезд групп по 2—3 человека на тяжелом мотоцикле или моторной лодке. Такая группа имеет возможность задержать браконьера или даже нескольких человек, в то время как в одиночку лесник не имеет даже права составить протокол и вынужден только фиксировать факт нарушения. Патрульно-групповой метод себя оправдал — лесная охрана заповедника ежегодно задерживает до 200 нарушителей. А на закрепленных обходах лесники, проживающие по-прежнему на кордонах, проводят наблюдения.
Для помощи лесной охране в борьбе с браконьерством в заповеднике в 1976 г. созданы две оперативные группы, руководимые специалистами лесного отдела. За каждой оперативной группой закреплены тяжелый мотоцикл, моторная лодка и снегоход «Буран».
Все кордоны связаны между собой, с лесничествами и с управлением заповедника телефонной связью, и лесник имеет возможность вызвать себе на помощь оперативную группу в любое время.
В 1981 г. была реорганизована система охраны заповедника, пересмотрены границы обходов. Раньше некоторые обходы включали кварталы и на од ном и на другом берегу Хопра. Это делало невозможным прохождение маршрута в периоды ледостава на реке или, наоборот, разрушения ледового покрова. В настоящее время все обходы доступны независимо от сезона.
Для более оперативного руководства лесной охраной в заповеднике выделено теперь 4 лесничества _ Северное (5331 га), Васильевское (2974), Центральное (4579) и Южное (3294 га). Сейчас в заповеднике 13 кордонов.

© Чичикин Ю.Н. 1989