Заповедные участки, окруженные преимущественно распаханными пространствами, расположены на склонах долины Дона и его притоков. Эта территория находится на восточном склоне Среднерусской возвышенности, граничащем с Окско-Донской низменностью. По Ф. Н. Милькову, она занимает центр Придонского известняково-карстового типично лесостепного физико-географического района Среднерусской возвышенности. Во флористическом отношении это часть Восточноевропейской провинции Циркумбореальной области Голарктического царства (Тахтаджян, 1978). Т. И. Исаченко и Е. М. Лавренко относят ее к Евразиатской степной области, Восточноевропейской лесостепной провинции, Среднерусской (Верхнедонской) под-провинции, в которой представлены южные широколиственные леса (без ели) и луговые степи. Б. М. Козо-Полянский выделяет особый район сниженных альп и горных сосняков провинции Западной лесостепи.
Геологическую основу территории составляют девонские известняки мощностью 300—400 м, перекрытые четвертичными отложениями. Верхнедевонские отложения представлены фаменским ярусом со сменяющимися с севера на юг данково-лебедянским, елецким, задонским горизонтами (Двуреченский, 1978). Данково-лебедянские слои мергелистые, в разной степени доломитизированные, их общая мощность более 65 м. Елецкие слои более плотные, толстоплитчатые, сильно закарстованные мощностью от 40—45 до 65 м. Для задонского слоя характерны мергелистые известняки, мергели и карбонатные глины с включением ракушечника и песчаника, мощность их достигает 8—20 м. Елецкие слои в местах нарушения их тектонико-эрозионными процессами образуют мощные монолитные обнажения в виде скал «камней», «кич», «столбов» и «замков» высотой до 25 м. Такие обнажения очень характерны для долины Дона и его притоков от Лебедяни до Задонска.
В структуре ландшафта региона отчетливо выделяют плакорный, склоновый и пойменный типы местности (Мильков и др., 1970). На заповедных участках преобладает склоновый тип (до 35—45°), а на скалистых участках крутизна резко возрастает. Плакорный тип местности примыкает к склоновому и представляет собой плато с наклоном менее 3°. Его поверхность нарушена ложбинами стока, верховьями оврагов и балок, карстовыми западинами. Пойменный тип местности включает пойму Дона, довольно простую по строению. В ней представлены песчаные косы и очень характерна ледобойная полоса с выходами щебнистого известняка и больших глыб, сползших со склонов, обработанных водой и льдами, иногда встречаются глыбы нижнемеловых песчаников.
В целом рельеф имеет эрозионно-долинный и овражно-балочный характер, что определяется деформацией девонского известняка. «Многие реки, балки и даже овраги в девонских известняках ориентированы по трещинам, прослеживающимся в северо-западном и северо-восточном направлениях» (Спиридонов, 1953. С. 139). Реки прорезают толщи известняка и делают крутые повороты, образуя иногда каньонообразные ущелья со скалами высотой 50—60 м, поэтому большинство заповедных урочищ очень живописно. Эрозионная сеть представлена преимущественно ручьевыми долинами и балками, много растущих боковых и донных оврагов.
К современным формам рельефа относятся оползни, карстовые образования, степные блюдца на водоразделах и вторичные врезы в днища балок. Оползни на склонах речных долин, оврагов и балок объясняются залеганием глинистых пород. Карст представлен воронками и пещерами, образование которых связано с известняками и доломитами, способными к растворению и размыву.
Гидрографическая сеть хорошо развита. Густота речной сети в районе 0,23 км/км2. Главная водная артерия — Дон. Ширина его русла от 60 до 140 м, глубина в сухое лето 2—3 м, а во время весеннего паводка уровень воды может подниматься на 14 м (например, в 1970 г.). Средний годовой сток воды 123 м3/с. На характер стока заметно влияет карст, который уменьшает площадь водосбора и увеличивает подземный сток. В местах скопления трещин-но-карстовых вод могут возникать воклюзные источники — вода выходит из толщи известняков в виде мощного ручья с дебитом до 70 л/с, часто появляясь внезапно и порой давая начало рекам (Плющанка, Воргол, Пальна и др.).
Большую ценность представляет девонская водоносная система в виде ряда горизонтов. По химическому составу воды региона гидрокарбонатно-кальциевые, с повышенной жесткостью — 4,3— 6,8 мг- экв/л.
Климат района заповедника умеренно континентальный, с умеренно теплым летом и сравнительно холодной зимой, по агроклиматическому районированию относится к умеренно теплой зоне. Количество поступающей солнечной радиации около 89 ккал/см2 в год. Радиационный баланс в целом положительный и составляет 36 ккал/см2 в год. Сезонные колебания климата проявляются отчетливо. Среднегодовая температура воздуха 4,5°. Годовое количество осадков составляет 450—500 мм, но они неравномерно распределяются по заповедным урочищам в связи с высокой расчлененностью рельефа.
Средняя температура самого холодного месяца (января) —9,8°, а самого теплого (июля) 18,6°. Лето начинается с конца мая, когда температура устанавливается выше 15°, хотя заморозки бывают и в июне. Продолжается оно 105 дней. Осень наступает в сентябре, и средняя температура понижается до 10,4°. В октябре обычно стоит еще сухая и теплая погода. Зима приходит постепенно. С декабря реки покрываются льдом, и устанавливается снежный покров. За зиму его высота достигает 38—50 см. Потепление начинается с марта. В первой декаде апреля температура устанавливается выше 0°, что приводит к вскрытию рек и полному таянию снега.
В заповеднике преобладают оподзоленные черноземы и серые лесные почвы. Серые и темно-серые лесные почвы представляют фон в сложном сочетании с выщелоченными, оподзоленными, мощными и сверхмощными черноземами тяжелого механического состава. Особенности рельефа определяют мозаичность в распределении почв. Для склонов северо-восточной экспозиции характерны темно-серые лесные почвы, а для более пологих юго-западных — выщелоченные черноземы разной степени смыва и мощности. В поймах представлены аллювиальные, луговые и болотные почвы. На плакорах встречаются западины с серыми поверхностно-глеевыми почвами.
Галичья гора — отрезок правого берега долины Дона длиной с севера на юг около 2 км и шириной от уреза воды до пограничного ограждения на плато от 200 до 300 м. Пойма выражена лишь в самой южной части участка, в остальных местах склон коренного берега начинается сразу от уреза воды. Эффектны массивные известняковые скалы, подчас причудливых форм. Карст проявляется в образовании небольших пещер, скал, узких трещин и воронок.
Морозова гора — противоположный, левый, берег долины протяженностью с севера на юг 3 км. Максимальная ширина его до 600 м на севере, где плато переходит в облесенный склон и затем в пойму. К югу пойма быстро сужается, склон становится круче и спускается к самой воде. Скалы обнажены лишь в немногих местах и кое-где выходят на дневную поверхность по облесенным оврагам — отвершкам долины.
Быкова Шея — степной участок в 30-километровой Дубнинской балке. Склоны ее безлесны, только крошечные участки березняков да сосновые посадки последних лет выделяются зелеными пятнами на фоне девственных ковыльных степей. Пологие склоны крутизной до 5—10° покрыты оносмово-ковыльным ковром с массой красочно цветущих видов. Изрезанность рельефа оврагами, промоинами и сам петлеобразный характер балки создают сложную геоморфологию участка и особую экологическую обстановку.
Плющань — исконно лесное урочище на правом берегу Дона (200 га). Перерезая урочище в юго-восточном направлении, Плющанка берет начало из пяти больших и множества малых родников, вытекающих из-под склона с нагорным березняком и дубовым лесом. Зигзагами петляя по урочищу, она подмывает коренные берега со щебнистым известняком и выходами скал, придавая пейзажу живописность. «Сниженно-альпийские» группировки растительности на берегах Плющанки важны для понимания истории растительности не только этого урочища, но и Средней России в целом.
Урочища Воронов Камень и Воргольское расположены в 12 км от г. Ельца, на правом берегу Воргола. Долина реки имеет провальный каньонообразный характер. По обоим берегам выступают огромные живописные скалы известняка под местным названием «кичи». Причудливы пещеры, известняковые расщелины, карстовые воронки.
© Григорьевская А.Я., Тихомиров В.Н. 1989