Относительная однородность природного комплекса и существование охранной зоны позволяют сохраниться в центральной части заповедника значительному массиву, защищенному от проникновения посторонних людей и непосредственного антропогенного влияния, т. е. практически в естественном состоянии.

Это подтверждается контролированием (мониторингом) состояния фона природной среды на специальном полигоне в юго-восточной части заповедного лесного массива. На этом участке находится постоянный геоботанический маршрут, к которому приурочены важнейшие в заповеднике биогеоценотические исследования. Усредненные показатели, полученные в пределах полигона, вполне достоверно характеризуют общий фон состояния всего лесного массива. Наряду с относительной защищенностью центральной части заповедной территории его периферийные участки не изолированы какими-либо существенными природными преградами от прилегающих хозяйственно освоенных земель и испытывают с их стороны самое разнообразное по характеру и силе воздействие.

Однако на процессах в коренных типах леса заповедника отражаются как естественные, так и антропогенные факторы. Так, довольно много старовозрастных осинников заменяются березняками или липняками естественным путем. В дубравах не прекращается процесс усыхания и отпада старых дубов, много ветровала крупных осин и сосен. Антропогенное воздействие заметнее на периферии лесного массива, где поблизости от опушки леса находятся с востока три крупных сельских населенных пункта, с севера — два, с запада — четыре и с юга — четыре, из которых три — железнодорожные станции. С севера на юг территорию заповедника пересекает железнодорожная магистраль Москва — Воронеж, а вдоль южной границы проходят железнодорожные ветки: Графская — Рамонь, Графская — Анна.

К антропогенным факторам, несомненно влияющим на компоненты биогеоценоза, в первую очередь в пойме Усманки и ее притоков, следует отнести вынос химических удобрений и гербицидов с сельскохозяйственных угодий во время весенних и летних половодий, промышленные и бытовые стоки расположенного выше по течению г. Усмани.

Примером антропогенного нарушения экосистем заповедника служит выпуск в 30-е годы в леса заповедника енотовидных собак, скунсов, серебристо-черных лисиц, американских норок. Скунсы и серебристо-черные лисицы, правда, не прижились, а енотовидные собаки и американские норки заняли экологические ниши, с одной стороны, сухопутных хищников (лисицы, барсука), а с другой — околоводных хищников (европейской норки). Енотовидные собаки стали постоянными конкурентами барсукам, занимая их излюбленные городища; аборигенные европейские норки исчезли из водно-болотных угодий заповедника, будучи вытеснены американским видом; численность выхухоли сильно сократилась. Но не избежали антропогенного влияния и американские норки: убегающие из зверосовхоза американские норки разных цветовых вариаций нарушили чистоту генотипа норок дикой популяции.

В последние 20-30 лет весьма ощутим пресс самостоятельного вселения крупных копытных (лосей, кабанов), жизнедеятельность которых вкупе с местными оленями и косулями неблагоприятна для лесообразующих древесно-кустарниковых пород. В связи с расширением ареалов в заповеднике появились выдра, ондатра, каменная куница, поздний кожан, кольчатая горлица.

В разные годы в заповеднике интродуцированы ирга, маньчжурский орех, леспедеца, серебристый тополь.

© Лавров Л.С., Семенов В.А., Трегубов В.В. Воронежский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Европейской части РСФСР. II. - М., Мысль, 1989. с. 164-188