Воронежский биосферный заповедник занимает северную половину Усманского бора на стыке Липецкой и Воронежской областей.
Усманский лесной массив — один из островных боров Центральночерноземного района. Его леса сформировались на левобережных песчаных террасах Воронежа и входят в Левобережный придолинно-террасный район подзоны типичной лесостепи лесостепной провинции Окско-Донской низменности.
Район заповедника расположен на границе атлантико-континентальной и континентальной климатических областей и испытывает влияние воздушных масс с Атлантического океана и циклонов, формирующихся над Средиземноморьем. Климат заповедника умеренно континентальный, с относительно жарким летом и умеренно холодной зимой. Среднегодовая температура изменяется от 2,7 до 7,1° при средней 5,1°, средняя температура самого теплого месяца (июля) 19,3°, самого холодного (января) —9,9°. Абсолютный максимум температуры воздуха 38,9°, минимум —41,8°.
Безморозный период в среднем продолжается 133 дня, в отдельные годы от 84 до 169 дней; теплый период в среднем 234 дня, в разные годы от 197 до 273 дней. Вегетационный период длится 147-221 день, в среднем 185 дней. Последние весенние заморозки могут быть с 7 апреля до 12 июня. Средняя высота снежного покрова равна 48 см с максимумом 88 см и минимумом 3-4 см. В мягкие зимы с глубоким снегом почва в лесу не промерзает, но в аномально суровую и малоснежную зиму 1968/69 г. почва промерзла на 180-200 см.
За год выпадает в среднем 589 мм осадков, которые распределяются по сезонам следующим образом: весна — 89 мм, лето — 197, осень — 115 и зима — 188 мм. Однако годовая сумма осадков может колебаться от 435 до 867 мм, так же как и по сезонам. В течение всего года преобладают ветры юго-восточного и южного направлений, но летом довольно часты и северо-западные.
Территория заповедника занимает древние террасы по левобережью Воронежа, образование которых связано с оледенением четвертичного времени. Рыхлые осадочные породы залегают на коренных породах девона и мела, сложенных глинами и известняками на глубине от 55 до 75 м н.у.м.
Коренные породы перекрыты флювиогляциальными и древнеаллювиальными отложениями. В долине Воронежа выделяются четыре надпойменные террасы, возвышающиеся над меженью реки: первая — на 6-10 м, вторая — на 15-22 м, третья — на 38-45 м и четвертая — на 60-65 м.
Четвертая надпойменная терраса образована аллювиально-озерными зеленовато-серыми глинами отступавшего днепровского ледника московской стадии оледенения. Верхняя часть этих глин в результате выветривания превратилась в бурые покровные суглинки лёссовидной структуры. Покровные суглинки третьей террасы выклиниваются на границе со второй и своим происхождением связаны с суглинками четвертой террасы. Вторая и первая надпойменные террасы образованы водно-ледниковыми потоками валдайского оледенения, отложившего аллювиально-делювиальные осадки.
В границах заповедника эти отложения представлены наносами легкого механического состава.
Покровные суглинки третьей и четвертой надпойменных террас и, вероятно, аллювиально-делювиальные наносы первой и второй террас перекрыты песками различной мощности. Песчаный плащ состоит почти из чистого, отмытого кварцевого песка без признаков слоистости мощностью от 1-2 м на склонах со сглаженными формами рельефа до 5-7 м на водораздельной части и второй надпойменной террасе, для которых характерен бугристый рельеф (Скрябин, 1959). Литологическая аномалия Усманского бора приурочена к Воронежскому и Усманскому неотектоническим поднятиям, где откладывался песчаный аллювий ледниковых вод.
Геоморфологически территория заповедника представляет собой слабоволнистую равнину, понижающуюся с востока на запад. Наиболее высокие участки рельефа (165-169 м над ур. моря) находятся на водоразделе рек Воронеж — Усманка и Усманка — Байгора, самые низкие (90 м н.у.м.) — на пойменных участках долины Воронежа в межень. Рельеф заповедника подразделяется на: водораздельные пространства с песчаными буграми и множеством болотных и полуболотных впадин; склоны к рекам со сглаженной поверхностью; сниженные бугристые пески второй надпойменной террасы и поймы рек Воронежа, Усмани и Ивницы.
Гидрографическая сеть заповедника представлена бассейнами рек Усманки и Ивницы — левыми притоками Воронежа. Усманка дренирует четвертую надпойменную террасу Воронежа, течет в меридиональном направлении. Берет начало севернее заповедника, в его границах находится ее верхнее течение. Русло Усманки состоит из нескольких плесов шириной до 60 м и глубиной до 3-4 м, соединенных узкими протоками-ручьями. Из-за очень незначительного уклона река представляет собой цепочку слабопроточных озер с заболоченными берегами и затонами. В засушливые годы протоки сильно мелеют. Пойма большей частью заболочена, ее ширина не превышает 1 км, а местами суживается до 300 м и меньше. На территории заповедника в Усманку впадает до 20 притоков длиной 0,6-4,6 км. Наиболее крупные из них — Девиченка, ручьи Шеломенский, Ямный, Дедовский, Приваловский. Пополняется Усманка.
в основном за счет атмосферных осадков и весьма неравномерно по сезонам года: так, 70-75% годового объема стока приходится на весну за счет поступления талых вод, грунтовое питание не превышает 15-20%, дождевое — не более 3-10%. Водосборная площадь Ивницы занимает более половины территории заповедника. Истоки Ивницы находятся ,на севере центральной части заповедника. В границах заповедника она дренирует четвертую, третью и вторую надпойменные террасы Воронежа, течет с северо-востока на юго-запад. Из-за незначительного уклона пойма, иногда довольно широкая (до 400-500 м), сильно заболочена. В Ивницу впадает 7 притоков от 1,1 до 15 км длиной. Самые крупные из них — Городянка, ручьи Ржавец, Усманский и Каверенский.
Долины рек и ручьев заповедника в приустьевой части имеют вид слабо выраженных заболоченных впадин, переходящих в поймы принимающих их водотоков. Бугристо-грядовый рельеф, обилие котловин выдувания на водораздельной части и второй надпойменной террасе Воронежа способствуют образованию травяноосоковых болот.
В почвенном покрове водоразделов преобладают слабо- и среднеподзолистые песчаные почвы сухих и свежих боров в сочетании с сильноподзолистыми оглеенными почвами влажных боров и торфяно-глеевыми почвами низинных болот. При постепенном уменьшении мощности песка от водоразделов к средней части склона и смене растительного покрова от боров к простым суборям, судубравам и дубравам подзолистые почвы сменяются бурыми оподзоленными, бурыми лесными и серыми лесными почвами. В нижней части склонов избыточное поступление верховодки по суглинку приводит к переувлажнению и формированию оглеенных серых лесных почв. В поймах рек и крупных ручьев, где аккумуляция влаги и минеральных веществ наибольшая, преобладают ольшаники на перегнойно-глеевых почвах. На территории заповедника в формировании почв преобладает элювиально-глеевый процесс. На почвенной карте Воронежской области Усманский бор выделен пятном дерново-подзолистых песчаных почв (Атлас Воронежской области, 1968) на границе Липецкого района типичных мощных, средне-мощных и выщелоченных черноземов и Воронежско-Сампурского района типичных мощных черноземов.
Заповедник представляет собой целостный комплекс с ландшафтами пойменного, надпойменно-террасного и водораздельно-зандрового типов местности с характерными растительными ассоциациями (Дроздов, Хмелев, 1973).
Ландшафтный комплекс заповедника подразделяется на три типа урочищ. К естественным урочищам относятся коренные типы лесных насаждений и осоково-травяные болота междюнных понижений. Это сосняки дубово-зеленомошно-разнотравные на светло-бурых оподзоленных почвах; сосняки зеленомошные на подзолистых почвах; дубняки осоково-снытевые на темно-серых почвах; ольшаники камышово-тростниковые на перегнойно-иловато-глеевых почвах; осоковые болота в междюнных понижениях на торфяно-глеевых почвах; осоково-тростниковые болота на месте бывших водоемов.
Антропогенные саморегулирующиеся урочища формируются естественным путем на месте вырубок и гарей. Это производные типы леса с ярко выраженной тенденцией к смене пород: осинники разнотравно-осоковые на бурых лесных почвах в условиях свежей субори; дубняки осиново-осоковые на темно-серых почвах; березняки ольхово-осиново-крапивные на перегнойно-иловато-глеевых почвах (на месте черноольшаников); березняки чернично-молиниевые на подзолистых почвах в условиях влажных боров. Антропогенные регулируемые урочища — материковые луга, культуры березы, сосны, ивы, пахотные угодья.

© Лавров Л.С., Семенов В.А., Трегубов В.В. Воронежский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Европейской части РСФСР. II. - М., Мысль, 1989. с. 164-188
© Масалыкин А.И. 2004