Заповедник образован декретом СНК СССР об образовании Ильменского государственного минералогического заповедника 14 мая 1920 года и является, таким образом, третьим государственным заповедником России.

В 1991 г. организован филиал Ильменского заповедника - историко-ландшафтный заповедник "Аркаим" (оперативное управление землями осуществляет Государственное учреждение Специализированный природно-ландшафтный и историко-археологический центр "Аркаим").

Заповедник расположен в восточных предгорьях Южного Урала на Ильменском хребте, в Челябинской области к северо-востоку от
г. Миасс. Филиал "Аркаим" находится в Брединском и Кизильском районах Челябинской области, в долине реки Большая Караганка.

Причиной создания заповедника явилась угроза расхищения минералогических богатств Урала, имевшая место в период Гражданской войны. Заповедник изначально был создан как минералогический, но в 1935 г. преобразован в комплексный.

В филиале заповедника, расположенном в степных предгорьях восточного Урала, охраняются различные археологические памятники от палеолита до новой истории, а основная цель - охрана и изучение укрепленного поселения эпохи бронзы - протогорода Аркаим (XVII-XVI век до н.э.).

34 141,4 га (30 380 га - основной участок на Ильменском хребте, 3761,4 га - филиал "Аркаим")

2

Охранная зона образована Постановлением администрации г. Миасса Челябинской области № 346 от 17.05.1995 г. на площади 9,6 га (основной участок) и шириной 250 м в части границ заповедной территории, относящейся к административной территории г. Миасса.

Заповедник находтся в подчинении Уральского отделения РАН. В настоящее время филиал "Аркаим" находится также в ведении УрО РАН, на правах филиала Ильменского заповедника.

С 1936 г. при заповеднике функционирует минералогический музей. Он входит в пятерку крупнейших геолого-минерологических музеев страны. Заповедник является региональным центром не только экологического, но и естественно-научного просвещения. На базе музея работает Ильменский филиал научного общества учащихся. Для учащихся школ и детей детских садов проводятся выездные экскурсии с выставками минералов. В летнее время для ребят организуются экологические лагеря, слеты.
В филиале "Аркаим" действует "Музей Природы и Человека" с природоведческими, археологическими и этнографическими экспозициями, а также проводятся постоянные образовательные программы историко-археологического и естественнонаучного профиля. Ежегодно филиал принимает более 20 тыс. человек.