Вследствие труднодоступности на территории «Джергинского» заповедника, даже до его организации, интенсивной хозяйственной деятельности не проводилось. Лишь в южной части незначительные площади охватили рубками леса. Поэтому с точки зрения сохранности экосистем территория заповедника в целом близка к состоянию «эталона природы». Большинство природных систем представляют собой достаточно целостные природно-территориальные комплексы, охватывающие все ландшафтно-высотные пояса, что позволяет этим комплексам относительно автономно функционировать и развиваться.

В настоящее время антропогенное влияние на природные экосистемы проявляется в центральной части заповедника — по долине р. Ковыли, левого притока р. Баргузин, — где в летнее время на участке отчуждения, находящемся в ведении крестьянского хозяйства «Улюнханский» производится выпас небольшого поголовья скота. Идет прямое воздействие на осоково-злаковые луга, ивняки и местами на лиственничные леса с подлеском из рододендрона даурского, растущих по склонам обрамляющих гор. Выгон и пастьба скота в этом районе сопровождается рубкой древесно-кустарниковой растительности на дрова, распугиванием животных.

Территория заповедника вдоль действующей автотрассы «Тазы-Уоян», проходящей по всем межгорным понижениям и таежным среднегорным ландшафтам центральной части заповедника, подвержена антропогенному влиянию в течение круглого года. Изменения в экосистемах в основном узколокальны и заключаются в случаях рубки древесно-кустарниковой растительности во время поломки автомашин, слива ГСМ в реки и на почву при прохождении вброд и объезде труднопроходимых мест, незаконного отстрела животных и шумовых эффектах, а также в заносах синантропных видов.

Другая опасность — пожары, имеющие преимущественно естественное происхождение.

© Э.Н. Елаев, О.А. Аненхонов, А.Б. Иметхенов, Ц.З. Доржиев, Н.Г. Елаева. Джергинский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 205-216.