Алтайский государственный природный заповедник образован постановлением СМ РСФСР от 7 октября 1967 года №764 и решением Алтайского крайисполкома от 24 марта 1967 года №116 на месте существовавшего ранее в 1932-1951 и 1958-1961 гг заповедника с тем же названием.

Заповедник расположен в горах Южной Сибири в Турочакском районе Республики Алтай.

При создании Алтайскому заповеднику была отведена площадь около 1,3 млн га, он располагался в пределах Ойротской (Горно-Алтайской) и Хакасской автономных областей, а его восточная и южная границы совпадали с границей СССР и Тувинской народной республики. В верховьях Большого Абакана на территории заповедника проживала семья старообрядцев Лыковых, получившая известность благодаря репортажам В. М. Пескова. В 1951 году заповедник был ликвидирован. Трудности лесоразработок в горах и отсутствие дорог не позволили провести на заповедной территории значительных рубок леса. По инициативе научной общественности в 1958 году Алтайский заповедник был восстановлен. Его площадь уменьшилась до 940 тыс. га за счет территории Хакассии (верховья Большого Абакана) и отдельных участков правобережья р. Чулышман. В 1961 году заповедник ликвидировали вторично. Однако необходимость охраны природы Горного Алтая была столь очевидной, что уже в октябре 1967 года Алтайский заповедник был вновь восстановлен на площади 863,8 тыс. га. В настоящее время после обмена отдельными участками угодий с соседними землепользователями и включения части акватории Телецкого озера в пределы заповедника его территория достигла современных размеров.

881 238 га по лесоустройству 1981 года

1

Охранная зона в заповеднике отсутствует.

Территория заповедника внесена в Список Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО (объект "Алтай - Золотые горы") в 1998 году.